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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v8m | ||||||||||||
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タイトル | LolCDE-apo in nanodiscs | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space ...lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / lipoprotein transport / plasma membrane protein complex / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Luo, Q.S. / Bei, W.W. / Shi, H.G. / Zhang, X.Z. / Huang, Y.H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of LolCDE reveal the molecular mechanism of bacterial lipoprotein sorting in Escherichia coli. 著者: Weiwei Bei / Qingshan Luo / Huigang Shi / Haizhen Zhou / Min Zhou / Xinzheng Zhang / Yihua Huang / 要旨: Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer ...Bacterial lipoproteins perform a diverse array of functions including bacterial envelope biogenesis and microbe-host interactions. Lipoproteins in gram-negative bacteria are sorted to the outer membrane (OM) via the localization of lipoproteins (Lol) export pathway. The ATP-binding cassette (ABC) transporter LolCDE initiates the Lol pathway by selectively extracting and transporting lipoproteins for trafficking. Here, we report cryo-EM structures of LolCDE in apo, lipoprotein-bound, and AMPPNP-bound states at a resolution of 3.5 to 4.2 Å. Structure-based disulfide crosslinking, photo-crosslinking, and functional complementation assay verify the apo-state structure and reveal the molecular details regarding substrate selectivity and substrate entry route. Our studies snapshot 3 functional states of LolCDE in a transport cycle, providing deep insights into the mechanisms that underlie LolCDE-mediated lipoprotein sorting in E. coli. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v8m.cif.gz | 226.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v8m.ent.gz | 177.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v8m_validation.pdf.gz | 937.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v8m_full_validation.pdf.gz | 959 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7v8m_validation.xml.gz | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v8m_validation.cif.gz | 59.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/7v8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/7v8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31804MC 7v8iC 7v8lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43295.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lolC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADC3 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 25471.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: lolD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P75957, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #3: タンパク質 | | 分子量: 45385.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: lolE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75958 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: LolCDE-apo in nanodiscs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137445 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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