+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v74 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Thermostabilized human prestin in complex with sulfate | ||||||
要素 | prestin | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / motor protein / prestin / SLC26A5 / electromotility | ||||||
機能・相同性 | CHOLESTEROL / 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | ||||||
データ登録者 | Futamata, H. / Fukuda, M. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Nureki, O. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of thermostabilized prestin provide mechanistic insights underlying outer hair cell electromotility. 著者: Haon Futamata / Masahiro Fukuda / Rie Umeda / Keitaro Yamashita / Atsuhiro Tomita / Satoe Takahashi / Takafumi Shikakura / Shigehiko Hayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / ...著者: Haon Futamata / Masahiro Fukuda / Rie Umeda / Keitaro Yamashita / Atsuhiro Tomita / Satoe Takahashi / Takafumi Shikakura / Shigehiko Hayashi / Tsukasa Kusakizako / Tomohiro Nishizawa / Kazuaki Homma / Osamu Nureki / 要旨: Outer hair cell elecromotility, driven by prestin, is essential for mammalian cochlear amplification. Here, we report the cryo-EM structures of thermostabilized prestin (Pres), complexed with ...Outer hair cell elecromotility, driven by prestin, is essential for mammalian cochlear amplification. Here, we report the cryo-EM structures of thermostabilized prestin (Pres), complexed with chloride, sulfate, or salicylate at 3.52-3.63 Å resolutions. The central positively-charged cavity allows flexible binding of various anion species, which likely accounts for the known distinct modulations of nonlinear capacitance (NLC) by different anions. Comparisons of these Pres structures with recent prestin structures suggest rigid-body movement between the core and gate domains, and provide mechanistic insights into prestin inhibition by salicylate. Mutations at the dimeric interface severely diminished NLC, suggesting that stabilization of the gate domain facilitates core domain movement, thereby contributing to the expression of NLC. These findings advance our understanding of the molecular mechanism underlying mammalian cochlear amplification. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v74.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7v74.ent.gz | 105.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v74.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v74_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7v74_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v74_validation.xml.gz | 33.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v74_validation.cif.gz | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/7v74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/7v74 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31758MC 7v73C 7v75C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
3 |
| ||||||||||||
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称)) | ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82503.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293SGNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-LBN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: prestin in complex with chloride ion / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0337 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 249144 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5DA0 Accession code: 5DA0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.63→3.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / SU B: 8.208 / SU ML: 0.133 / ESU R: 0.221 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 177.349 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 4874 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|