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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v5c | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mouse ABCB9 (ADP.BeF3-bound) | |||||||||||||||
要素 | ABC-type oligopeptide transporter ABCB9 | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / ABCB9 / peptide transporter / Lipid floppase / TAPL | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type oligopeptide transporter / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-type peptide transporter activity / peptide metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / peptide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transmembrane transport / protein transport / lysosome ...ABC-type oligopeptide transporter / ABC-type oligopeptide transporter activity / ABC-type peptide transporter activity / peptide metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / peptide transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transmembrane transport / protein transport / lysosome / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Park, J.G. / Kim, S. / Jang, E. / Choi, S.H. / Han, H. / Kim, J.W. / Ju, S. / Min, D.S. / Jin, M.S. | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: The lysosomal transporter TAPL has a dual role as peptide translocator and phosphatidylserine floppase. 著者: Jun Gyou Park / Songwon Kim / Eunhong Jang / Seung Hun Choi / Hyunsu Han / Seulgi Ju / Ji Won Kim / Da Sol Min / Mi Sun Jin / 要旨: TAPL is a lysosomal ATP-binding cassette transporter that translocates a broad spectrum of polypeptides from the cytoplasm into the lysosomal lumen. Here we report that, in addition to its well-known ...TAPL is a lysosomal ATP-binding cassette transporter that translocates a broad spectrum of polypeptides from the cytoplasm into the lysosomal lumen. Here we report that, in addition to its well-known role as a peptide translocator, TAPL exhibits an ATP-dependent phosphatidylserine floppase activity that is the possible cause of its high basal ATPase activity and of the lack of coupling between ATP hydrolysis and peptide efflux. We also present the cryo-EM structures of mouse TAPL complexed with (i) phospholipid, (ii) cholesteryl hemisuccinate (CHS) and 9-mer peptide, and (iii) ADP·BeF. The inward-facing structure reveals that F449 protrudes into the cylindrical transport pathway and divides it into a large hydrophilic central cavity and a sizable hydrophobic upper cavity. In the structure, the peptide binds to TAPL in horizontally-stretched fashion within the central cavity, while lipid molecules plug vertically into the upper cavity. Together, our results suggest that TAPL uses different mechanisms to function as a peptide translocase and a phosphatidylserine floppase. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v5c.cif.gz | 212.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v5c.ent.gz | 166.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v5c_validation.pdf.gz | 963.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v5c_full_validation.pdf.gz | 1002.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7v5c_validation.xml.gz | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v5c_validation.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/7v5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31722MC 7v5dC 7vfiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84046.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9JJ59, ABC-type oligopeptide transporter #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ABCB9 / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212390 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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