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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v4t | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Alphavirus M1 | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Alphavirus M1 | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...T=4 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Alphavirus M1 (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Gao, Y. / Jia, X. / Zhang, Q. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM evidence of viral N-glycosylation reveal receptor binding mechanisms of alphavirus M1 著者: Song, D. / Jia, X. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v4t.cif.gz | 694.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v4t.ent.gz | 576.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v4t_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v4t_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v4t_validation.xml.gz | 122.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v4t_validation.cif.gz | 184.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/7v4t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31716MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
2 |
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3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47595.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2 #2: タンパク質 | 分子量: 46462.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2 #3: タンパク質 | 分子量: 30084.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Alphavirus M1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0MNM2 #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Alphavirus M1 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Alphavirus M1 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 38 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32894 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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