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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v2n | ||||||||||||
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タイトル | T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K2 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / 30S subunit / KsgA / rRNA methyltransferase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome ...16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase / 16S rRNA (adenine(1518)-N(6)/adenine(1519)-N(6))-dimethyltransferase activity / rRNA (adenine-N6,N6-)-dimethyltransferase activity / rRNA methylation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Raina, R. / Singh, J. / Anand, R. / Vinothkumar, K.R. | ||||||||||||
資金援助 | インド, 3件
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引用 | ジャーナル: ACS Chem Biol / 年: 2022 タイトル: Decoding the Mechanism of Specific RNA Targeting by Ribosomal Methyltransferases. 著者: Juhi Singh / Rahul Raina / Kutti R Vinothkumar / Ruchi Anand / 要旨: Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high- ...Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high-resolution structure of the 30S-KsgA complex by cryo-electron microscopy, a state was captured, where KsgA juxtaposes between helices h44 and h45 of the 30S ribosome, separating them, thereby enabling remodeling of the surrounded rRNA and allowing the cognate site to enter the methylation pocket. With the structure as a guide, several mutant versions of the ribosomes, where interacting bases in the catalytic helix h45 and surrounding helices h44, h24, and h27, were mutated and evaluated for their methylation efficiency revealing factors that direct the enzyme to its cognate site with high fidelity. The biochemical studies show that the three-dimensional environment of the ribosome enables the interaction of select loop regions in KsgA with the ribosome helices paramount to maintain selectivity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v2n.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v2n.ent.gz | 1000.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v2n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v2n_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v2n_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v2n_validation.xml.gz | 107 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v2n_validation.cif.gz | 172.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 31657MC 7v2lC 7v2mC 7v2oC 7v2pC 7v2qC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#2: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80371 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80372 |
#4: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80373 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ5 |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLP8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P17291 |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80374 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN7 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80376 |
#12: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHN3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80377 |
#14: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY6 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJ76 |
#16: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SJH3 |
#17: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P0DOY7 |
#18: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SLQ0 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHP2 |
#20: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: P80380 |
#22: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SIH3 |
-RNA鎖 / タンパク質 / 非ポリマー , 3種, 4分子 AU
#1: RNA鎖 | 分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: M26923.1 |
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#21: タンパク質 | 分子量: 33588.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: rsmA, ksgA, BSU00420 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P37468, 16S rRNA (adenine1518-N6/adenine1519-N6)-dimethyltransferase |
#23: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.71 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: ~2 micromolar concentration of ribosome+KsgA was used during freezing | ||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: After application of the complex, 15 seconds wait time was given before blotting. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 59000 X / 倍率(補正後): 101449 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 詳細: Total number of frames is 30. Each frame had 1.43 e/A2 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50201 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 130.3 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL 詳細: Phenix was used in real space for initial refinement. The final refinements was performed with REFMAC within ccpem | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4B3R Accession code: 4B3R / Source name: PDB / タイプ: experimental model |