+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v08 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Nucleoplasmic pre-60S intermediate of the Nog2 containing pre-rotation state from a Spb1 D52A suppressor 3 strain | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | RIBOSOME / ribosome biogenesis / K-loop GTPase / GTPase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol ...regulation of ribosomal subunit export from nucleus / nuclear exosome (RNase complex) / 加水分解酵素 / PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / proteasome binding / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / ribonucleoprotein complex binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / proteasome complex / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / protein catabolic process / rRNA processing / metallopeptidase activity / protein transport / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / protein-macromolecule adaptor activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / nucleic acid binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Sekulski, K. / Cruz, V.E. / Weirich, C.S. / Erzberger, J.P. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: rRNA methylation by Spb1 regulates the GTPase activity of Nog2 during 60S ribosomal subunit assembly. 著者: Kamil Sekulski / Victor Emmanuel Cruz / Christine S Weirich / Jan P Erzberger / 要旨: Biogenesis of the large ribosomal (60S) subunit involves the assembly of three rRNAs and 46 proteins, a process requiring approximately 70 ribosome biogenesis factors (RBFs) that bind and release the ...Biogenesis of the large ribosomal (60S) subunit involves the assembly of three rRNAs and 46 proteins, a process requiring approximately 70 ribosome biogenesis factors (RBFs) that bind and release the pre-60S at specific steps along the assembly pathway. The methyltransferase Spb1 and the K-loop GTPase Nog2 are essential RBFs that engage the rRNA A-loop during sequential steps in 60S maturation. Spb1 methylates the A-loop nucleotide G2922 and a catalytically deficient mutant strain (spb1) has a severe 60S biogenesis defect. However, the assembly function of this modification is currently unknown. Here, we present cryo-EM reconstructions that reveal that unmethylated G2922 leads to the premature activation of Nog2 GTPase activity and capture a Nog2-GDP-AlF transition state structure that implicates the direct involvement of unmodified G2922 in Nog2 GTPase activation. Genetic suppressors and in vivo imaging indicate that premature GTP hydrolysis prevents the efficient binding of Nog2 to early nucleoplasmic 60S intermediates. We propose that G2922 methylation levels regulate Nog2 recruitment to the pre-60S near the nucleolar/nucleoplasmic phase boundary, forming a kinetic checkpoint to regulate 60S production. Our approach and findings provide a template to study the GTPase cycles and regulatory factor interactions of the other K-loop GTPases involved in ribosome assembly. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v08.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7v08.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7v08.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v08_validation.pdf.gz | 2.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7v08_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v08_validation.xml.gz | 293 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v08_validation.cif.gz | 504.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v0/7v08 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26941MC 7uooC 7uqbC 7uqzC 7uuiC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+60S ribosomal protein ... , 34種, 34分子 A8BCDEFHJLMNOPQRSTUVXYZacdefgh...
-RNA鎖 , 4種, 4分子 1236
#2: RNA鎖 | 分子量: 1097928.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 |
---|---|
#3: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: GenBank: 1767169448 |
#4: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 |
#6: RNA鎖 | 分子量: 27793.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 |
-タンパク質 , 15種, 15分子 5GIKWknstvwxyz4
#5: タンパク質 | 分子量: 14460.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUZ0 |
---|---|
#14: タンパク質 | 分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4C0K3 |
#16: タンパク質 | 分子量: 18546.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08004 |
#18: タンパク質 | 分子量: 42596.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P38779 |
#30: タンパク質 | 分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P33201 |
#44: タンパク質 | 分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUL8 |
#47: タンパク質 | 分子量: 69984.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P53261 |
#52: タンパク質 | 分子量: 57798.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P40010 |
#53: タンパク質 | 分子量: 36621.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A8H4BY26 |
#55: タンパク質 | 分子量: 39665.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PVK5 |
#56: タンパク質 | 分子量: 23001.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5Q4U5 |
#57: タンパク質 | 分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5Q1D2 |
#58: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12522 |
#59: タンパク質 | 分子量: 12435.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P38202 |
#60: タンパク質 | 分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素 |
-Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 9oqru
#8: タンパク質 | 分子量: 19322.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A6ZQK9 |
---|---|
#48: タンパク質 | 分子量: 25499.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P53927 |
#50: タンパク質 | 分子量: 52667.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12080 |
#51: タンパク質 | 分子量: 29786.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P40078 |
#54: タンパク質 | 分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: A0A6A5PUP3 |
-Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 bm
#35: タンパク質 | 分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02892 |
---|---|
#46: タンパク質 | 分子量: 55585.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) 株: BY4741 / 参照: UniProt: P53742 |
-非ポリマー , 6種, 465分子
#61: 化合物 | ChemComp-MG / #62: 化合物 | #63: 化合物 | ChemComp-ZN / #64: 化合物 | #65: 化合物 | ChemComp-K / | #66: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Nucleolar 60S intermediate purified with tags on Tif6 and Nog2. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#60 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2200 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.05 sec. / 電子線照射量: 1.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4349 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1240708 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 320145 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JCT Accession code: 3JCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|