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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwq | ||||||
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タイトル | Klebsiella pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase | ||||||
要素 | AMP nucleosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / nucleosidase / AMP / salvage | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 AMP nucleosidase / AMP nucleosidase activity / nucleoside metabolic process / AMP salvage / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
データ登録者 | Richardson, B.C. / French, J.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS One / 年: 2022 タイトル: Structure of Klebsiella pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase. 著者: Brian C Richardson / Roger Shek / Wesley C Van Voorhis / Jarrod B French / 要旨: Klebsiella pneumoniae is a bacterial pathogen that is increasingly responsible for hospital-acquired pneumonia and sepsis. Progressive development of antibiotic resistance has led to higher mortality ...Klebsiella pneumoniae is a bacterial pathogen that is increasingly responsible for hospital-acquired pneumonia and sepsis. Progressive development of antibiotic resistance has led to higher mortality rates and creates a need for novel treatments. Because of the essential role that nucleotides play in many bacterial processes, enzymes involved in purine and pyrimidine metabolism and transport are ideal targets for the development of novel antibiotics. Herein we describe the structure of K. pneumoniae adenosine monophosphate nucleosidase (KpAmn), a purine salvage enzyme unique to bacteria, as determined by cryoelectron microscopy. The data detail a well conserved fold with a hexameric overall structure and clear density for the putative active site residues. Comparison to the crystal structures of homologous prokaryotic proteins confirms the presence of many of the conserved structural features of this protein yet reveals differences in distal loops in the absence of crystal contacts. This first cryo-EM structure of an Amn enzyme provides a basis for future structure-guided drug development and extends the accuracy of structural characterization of this family of proteins beyond this clinically relevant organism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uwq.cif.gz | 457.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uwq.ent.gz | 368 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uwq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uwq_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uwq_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uwq_validation.xml.gz | 76 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uwq_validation.cif.gz | 113.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uw/7uwq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26838MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55326.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: amn, A7B01_08185, B4U61_13745, B5L96_10595, BL124_00007990, BN49_3643, BS595_23510, C3F39_24645, DDJ63_13085, DRB11_00280, EAO17_04140, FXN67_19000, G5637_19470, G7Z27_09550, GJJ12_013280, ...遺伝子: amn, A7B01_08185, B4U61_13745, B5L96_10595, BL124_00007990, BN49_3643, BS595_23510, C3F39_24645, DDJ63_13085, DRB11_00280, EAO17_04140, FXN67_19000, G5637_19470, G7Z27_09550, GJJ12_013280, GNE24_03025, GNG14_09410, GPZ86_08955, HV479_00330, NCTC11679_01882, NCTC13443_04974, NCTC13465_03257, NCTC204_04420, NCTC9128_08085, NCTC9617_06427, NCTC9637_02601, SAMEA3499874_04631, SAMEA3499901_02408, SAMEA3500057_04230, SAMEA3512100_00855, SAMEA3538828_00203, SAMEA3649733_00677, SAMEA3649758_02509, SAMEA3720909_04803, SAMEA3727630_01134, SAMEA3727643_04047, SAMEA3727679_02343, SAMEA3729663_00178, SAMEA4364603_01617, SAMEA4873619_01962, SAMEA4873632_01182 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 Rosetta / 参照: UniProt: W9BAW3, AMP nucleosidase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Adenosine monophosphate nucleosidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) R3 Rosetta | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: 9 second blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 679 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1494578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114781 / クラス平均像の数: 17 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1T8R Accession code: 1T8R / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 82.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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