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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uwh | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of E. coli Transcription-Coupled Ribonucleotide Excision Repair (TC-RER) complex bound to ribonucleotide substrate | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE/HYDROLASE/DNA/RNA / Transcription-coupled RER / TRANSCRIPTION / TRANSFERASE-HYDROLASE-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / mismatch repair ...ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / mismatch repair / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Hao, Z.T. / Grower, M. / Bharati, B. / Proshkin, S. / Epshtein, V. / Svetlov, V. / Nudler, E. / Shamovsky, I. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA polymerase drives ribonucleotide excision DNA repair in E. coli. 著者: Zhitai Hao / Manjunath Gowder / Sergey Proshkin / Binod K Bharati / Vitaly Epshtein / Vladimir Svetlov / Ilya Shamovsky / Evgeny Nudler / ![]() ![]() 要旨: Ribonuclease HII (RNaseHII) is the principal enzyme that removes misincorporated ribonucleoside monophosphates (rNMPs) from genomic DNA. Here, we present structural, biochemical, and genetic evidence ...Ribonuclease HII (RNaseHII) is the principal enzyme that removes misincorporated ribonucleoside monophosphates (rNMPs) from genomic DNA. Here, we present structural, biochemical, and genetic evidence demonstrating that ribonucleotide excision repair (RER) is directly coupled to transcription. Affinity pull-downs and mass-spectrometry-assisted mapping of in cellulo inter-protein cross-linking reveal the majority of RNaseHII molecules interacting with RNA polymerase (RNAP) in E. coli. Cryoelectron microscopy structures of RNaseHII bound to RNAP during elongation, with and without the target rNMP substrate, show specific protein-protein interactions that define the transcription-coupled RER (TC-RER) complex in engaged and unengaged states. The weakening of RNAP-RNaseHII interactions compromises RER in vivo. The structure-functional data support a model where RNaseHII scans DNA in one dimension in search for rNMPs while "riding" the RNAP. We further demonstrate that TC-RER accounts for a significant fraction of repair events, thereby establishing RNAP as a surveillance "vehicle" for detecting the most frequently occurring replication errors. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 633.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 501.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 152.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26832MC ![]() 7uweC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 GHIJK
#4: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #5: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #7: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A802, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 / DNA/RNAハイブリッド / タンパク質 / RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCR
#1: DNA鎖 | 分子量: 18077.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 18133.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 21499.986 Da / 分子数: 1 / Mutation: E17A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: W8T723, ribonuclease H |
#8: RNA鎖 | 分子量: 5859.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Elongation Complex(EC)-RNaseH2 complex bound to ribonucleotide substrate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: OTHER |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 56 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70705 / 対称性のタイプ: POINT |