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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uov | ||||||
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タイトル | Native Lassa glycoprotein in complex with neutralizing antibodies 12.1F and 37.2D | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Lassa virus / Neutralizing antibody / N-linked glycans complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lassa virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Saphire, E.O. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2022 タイトル: A cocktail of protective antibodies subverts the dense glycan shield of Lassa virus. 著者: Haoyang Li / Tierra Buck / Michelle Zandonatti / Jieyun Yin / Alex Moon-Walker / Jingru Fang / Anatoliy Koval / Megan L Heinrich / Megan M Rowland / Ruben Diaz Avalos / Sharon L Schendel / ...著者: Haoyang Li / Tierra Buck / Michelle Zandonatti / Jieyun Yin / Alex Moon-Walker / Jingru Fang / Anatoliy Koval / Megan L Heinrich / Megan M Rowland / Ruben Diaz Avalos / Sharon L Schendel / Diptiben Parekh / Dawid Zyla / Adrian Enriquez / Stephanie Harkins / Brian Sullivan / Victoria Smith / Onyeka Chukwudozie / Reika Watanabe / James E Robinson / Robert F Garry / Luis M Branco / Kathryn M Hastie / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Developing potent therapeutics and effective vaccines are the ultimate goals in controlling infectious diseases. Lassa virus (LASV), the causative pathogen of Lassa fever (LF), infects hundreds of ...Developing potent therapeutics and effective vaccines are the ultimate goals in controlling infectious diseases. Lassa virus (LASV), the causative pathogen of Lassa fever (LF), infects hundreds of thousands annually, but effective antivirals or vaccines against LASV infection are still lacking. Furthermore, neutralizing antibodies against LASV are rare. Here, we describe biochemical analyses and high-resolution cryo-electron microscopy structures of a therapeutic cocktail of three broadly protective antibodies that target the LASV glycoprotein complex (GPC), previously identified from survivors of multiple LASV infections. Structural and mechanistic analyses reveal compatible neutralizing epitopes and complementary neutralization mechanisms that offer high potency, broad range, and resistance to escape. These antibodies either circumvent or exploit specific glycans comprising the extensive glycan shield of GPC. Further, they require mammalian glycosylation, native GPC cleavage, and proper GPC trimerization. These findings guided engineering of a next-generation GPC antigen suitable for future neutralizing antibody and vaccine discovery. Together, these results explain protective mechanisms of rare, broad, and potent antibodies and identify a strategy for the rational design of therapeutic modalities against LF and related infectious diseases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uov.cif.gz | 504 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uov.ent.gz | 406.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uov.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uov_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uov_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uov_validation.xml.gz | 75.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uov_validation.cif.gz | 112 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/7uov | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26655MC 7uotC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Glycoprotein ... , 2種, 6分子 ABCabc
#3: タンパク質 | 分子量: 29064.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08669 #4: タンパク質 | 分子量: 26797.973 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: GPC, GP-C / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08669 |
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-抗体 , 4種, 12分子 HDFLEGTPRSOQ
#1: 抗体 | 分子量: 12731.153 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #2: 抗体 | 分子量: 11602.884 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #5: 抗体 | 分子量: 11412.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #6: 抗体 | 分子量: 13946.536 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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-糖 , 7種, 33分子
#7: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 多糖 | #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #11: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #12: 多糖 | #13: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Native Lassa glycoprotein in complex with 12.1F-scFv and 37.2D-scFv タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 286170 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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