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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7umn | |||||||||
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タイトル | H1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab36 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / influenza / antibody / vaccine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Windsor, I.W. / Caradonna, T.M. / Schmidt, A.G. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: H1 Solomon Islands 2006 hemagglutinin in complex with Ab36 著者: Carradona, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7umn.cif.gz | 293.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7umn.ent.gz | 230.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7umn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7umn_validation.pdf.gz | 992.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7umn_full_validation.pdf.gz | 1016.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7umn_validation.xml.gz | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7umn_validation.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/7umn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26606MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58608.316 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) / 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A7Y8I1 #2: 抗体 | 分子量: 25284.295 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23375.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.07 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124426 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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