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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uiu | |||||||||
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タイトル | N2 sub-domain of IF2 bound to the 30S subunit in the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex (focused classification and refinement) | |||||||||
要素 | Translation initiation factor IF-2 | |||||||||
キーワード | RIBOSOME / Initiation Factor 2 / 70S ribosome / cryo-EM / translation initiation / initiator tRNA / conformational changes | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation initiation factor activity / translational initiation / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Basu, R.S. / Sherman, M.B. / Gagnon, M.G. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Compact IF2 allows initiator tRNA accommodation into the P site and gates the ribosome to elongation. 著者: Ritwika S Basu / Michael B Sherman / Matthieu G Gagnon / 要旨: During translation initiation, initiation factor 2 (IF2) holds initiator transfer RNA (fMet-tRNA) in a specific orientation in the peptidyl (P) site of the ribosome. Upon subunit joining IF2 ...During translation initiation, initiation factor 2 (IF2) holds initiator transfer RNA (fMet-tRNA) in a specific orientation in the peptidyl (P) site of the ribosome. Upon subunit joining IF2 hydrolyzes GTP and, concomitant with inorganic phosphate (P) release, changes conformation facilitating fMet-tRNA accommodation into the P site and transition of the 70 S ribosome initiation complex (70S-IC) to an elongation-competent ribosome. The mechanism by which IF2 separates from initiator tRNA at the end of translation initiation remains elusive. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the 70S-IC from Pseudomonas aeruginosa bound to compact IF2-GDP and initiator tRNA. Relative to GTP-bound IF2, rotation of the switch 2 α-helix in the G-domain bound to GDP unlocks a cascade of large-domain movements in IF2 that propagate to the distal tRNA-binding domain C2. The C2-domain relocates 35 angstroms away from tRNA, explaining how IF2 makes way for fMet-tRNA accommodation into the P site. Our findings provide the basis by which IF2 gates the ribosome to the elongation phase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uiu.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uiu.ent.gz | 18.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7uiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uiu_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uiu_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uiu_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uiu_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ui/7uiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26553MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11012 (タイトル: Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to compact IF2 Data size: 1.7 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of the Pseudomonas aeruginosa 70S ribosome initiation complex bound to IF2 collected on Gatan K3 in Super Resolution [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 91049.641 Da / 分子数: 1 / 断片: N2 sub-domain of IF2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Initiation Factor 2 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: infB, PA4744 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q9HV55 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Focused map of the N2 sub-domain of IF2 bound to the 30S subunit in the 70S ribosome initiation complex タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET28a |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8056 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 878576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123146 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |