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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ug7 | ||||||||||||
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タイトル | 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / Translocation / EF-G / Argyrin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translation elongation factor activity ...ribosome disassembly / negative regulation of cytoplasmic translational initiation / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / translational elongation / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / translation elongation factor activity / translational termination / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / translational initiation / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / maintenance of translational fidelity / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) Escherichia coli (大腸菌) Actinoplanes sp. (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rundlet, E.J. / Wieland, M. / Holm, M. / Koller, T.O. / Blanchard, S.C. / Wilson, D.N. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スウェーデン, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: The cyclic octapeptide antibiotic argyrin B inhibits translation by trapping EF-G on the ribosome during translocation. 著者: Maximiliane Wieland / Mikael Holm / Emily J Rundlet / Martino Morici / Timm O Koller / Tinashe P Maviza / Domen Pogorevc / Ilya A Osterman / Rolf Müller / Scott C Blanchard / Daniel N Wilson / 要旨: Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated ...Argyrins are a family of naturally produced octapeptides that display promising antimicrobial activity against Pseudomonas aeruginosa. Argyrin B (ArgB) has been shown to interact with an elongated form of the translation elongation factor G (EF-G), leading to the suggestion that argyrins inhibit protein synthesis by interfering with EF-G binding to the ribosome. Here, using a combination of cryo-electron microscopy (cryo-EM) and single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET), we demonstrate that rather than interfering with ribosome binding, ArgB rapidly and specifically binds EF-G on the ribosome to inhibit intermediate steps of the translocation mechanism. Our data support that ArgB inhibits conformational changes within EF-G after GTP hydrolysis required for translocation and factor dissociation, analogous to the mechanism of fusidic acid, a chemically distinct antibiotic that binds a different region of EF-G. These findings shed light on the mechanism of action of the argyrin-class antibiotics on protein synthesis as well as the nature and importance of rate-limiting, intramolecular conformational events within the EF-G-bound ribosome during late-steps of translocation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ug7.cif.gz | 3.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ug7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7ug7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ug7_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ug7_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ug7_validation.xml.gz | 236.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ug7_validation.cif.gz | 410.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ug7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26486MC 7otcC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 16235DtPtmR
#1: RNA鎖 | 分子量: 497390.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 |
#23: RNA鎖 | 分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1273279017 |
#57: RNA鎖 | 分子量: 24848.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1841332652 |
#58: RNA鎖 | 分子量: 24733.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#59: RNA鎖 | 分子量: 19128.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 SBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSU
#2: タンパク質 | 分子量: 26795.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7QM75 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCS9 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8 |
#5: タンパク質 | 分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1 |
#6: タンパク質 | 分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358 |
#7: タンパク質 | 分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XKZ3 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Z3UZ18 |
#10: タンパク質 | 分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0ANK5 |
#11: タンパク質 | 分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR3 |
#12: タンパク質 | 分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3 |
#13: タンパク質 | 分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 4-5675286 / 参照: UniProt: A0A7U9IV78 |
#14: タンパク質 | 分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U9Y6H3 |
#15: タンパク質 | 分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8EB41 |
#16: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7 |
#17: タンパク質 | 分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829A8C6 |
#18: タンパク質 | 分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2KXL3 |
#19: タンパク質 | 分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EA57 |
#20: タンパク質 | 分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7 |
#21: タンパク質 | 分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L2J1 |
+50S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 LALBLCLDLELFLILJLKLMLNLOLPLQLRLSLTLVLWLXLYLaLbLcLdLeLfLgLhLiLj
-タンパク質 , 2種, 2分子 LUEF
#41: タンパク質 | 分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829CSJ4 |
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#56: タンパク質 | 分子量: 77261.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: fusA, far, fus, b3340, JW3302 / プラスミド: pPROEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6M8 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 B
#60: タンパク質・ペプチド | 分子量: 874.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Actinoplanes sp. (バクテリア) |
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-非ポリマー , 7種, 422分子
#61: 化合物 | ChemComp-PUT / #62: 化合物 | ChemComp-MG / #63: 化合物 | #64: 化合物 | #65: 化合物 | ChemComp-GDP / | #66: 化合物 | ChemComp-FME / | #67: 化合物 | ChemComp-PHE / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 68 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2851902 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1454398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35220 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: LSQ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7N2C Accession code: 7N2C / Source name: PDB / タイプ: experimental model |