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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7uck | ||||||
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タイトル | 80S translation initiation complex with ac4c(-1) mRNA and Harringtonine | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME/INHIBITOR / Mammalian / 80S / initiation / complex / mRNA modification / mRNA acetylation / Harringtonine / RIBOSOME-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal subunit / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage ...ribosomal subunit / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / optic nerve development / retinal ganglion cell axon guidance / mammalian oogenesis stage / G1 to G0 transition / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / 90S preribosome / TOR signaling / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / T cell proliferation involved in immune response / erythrocyte development / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of translation / small-subunit processome / protein kinase C binding / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cellular response to gamma radiation / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / spindle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / ribosomal small subunit biogenesis / rhythmic process / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / glucose homeostasis / regulation of translation / retina development in camera-type eye / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / T cell differentiation in thymus / large ribosomal subunit rRNA binding / cell body / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / perikaryon / cytoplasmic translation / defense response to Gram-negative bacterium / cytosolic large ribosomal subunit / killing of cells of another organism / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / positive regulation of apoptotic process / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / translation / cell division / DNA repair / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, R. / Arango, D. / Sturgill, D. / Oberdoerffer, S. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Direct epitranscriptomic regulation of mammalian translation initiation through N4-acetylcytidine. 著者: Daniel Arango / David Sturgill / Renbin Yang / Tapan Kanai / Paulina Bauer / Jyoti Roy / Ziqiu Wang / Masaki Hosogane / Sarah Schiffers / Shalini Oberdoerffer / 要旨: mRNA function is influenced by modifications that modulate canonical nucleobase behavior. We show that a single modification mediates distinct impacts on mRNA translation in a position-dependent ...mRNA function is influenced by modifications that modulate canonical nucleobase behavior. We show that a single modification mediates distinct impacts on mRNA translation in a position-dependent manner. Although cytidine acetylation (ac4C) within protein-coding sequences stimulates translation, ac4C within 5' UTRs impacts protein synthesis at the level of initiation. 5' UTR acetylation promotes initiation at upstream sequences, competitively inhibiting annotated start codons. Acetylation further directly impedes initiation at optimal AUG contexts: ac4C within AUG-flanking Kozak sequences reduced initiation in base-resolved transcriptome-wide HeLa results and in vitro utilizing substrates with site-specific ac4C incorporation. Cryo-EM of mammalian 80S initiation complexes revealed that ac4C in the -1 position adjacent to an AUG start codon disrupts an interaction between C and hypermodified t6A at nucleotide 37 of the initiator tRNA. These findings demonstrate the impact of RNA modifications on nucleobase function at a molecular level and introduce mRNA acetylation as a factor regulating translation in a location-specific manner. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7uck.cif.gz | 6.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7uck.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7uck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7uck_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7uck_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7uck_validation.xml.gz | 353.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7uck_validation.cif.gz | 580.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/7uck | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26445MC 7ucjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 215789
#1: RNA鎖 | 分子量: 24721.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1957.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 1150751.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: GenBank: X06789.1 |
#5: RNA鎖 | 分子量: 49540.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
#6: RNA鎖 | 分子量: 548640.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
+60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 ABCEFGHJLMNOPQRSTUVXYZabcdefgh...
-タンパク質 , 5種, 5分子 DAAVVAaGg
#10: タンパク質 | 分子量: 33935.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SYJ6 |
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#49: タンパク質 | 分子量: 24361.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TJH8 |
#69: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TM82 |
#74: タンパク質 | 分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFE8 |
#79: タンパク質 | 分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SJB4 |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 IWFF
#15: タンパク質 | 分子量: 24511.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: B7NZQ2 |
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#28: タンパク質 | 分子量: 14131.536 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1SE28 |
#54: タンパク質 | 分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: G1TFM5 |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 n
#45: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: A0A087WNH4 |
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+40S ribosomal protein ... , 26種, 26分子 BBCCDDEEGGHHIIJJKKLLNNOOPPQQRRSSTTUUWWXXYYZZBbCcDdEe
-非ポリマー , 3種, 305分子
#80: 化合物 | ChemComp-MG / #81: 化合物 | ChemComp-MQ6 / | #82: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 80S translation initiation complex with ac4C(-1) mRNA and Harringtonine タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107057 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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