+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u9g | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122 | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Rabies virus glycoprotein / antibodies / viral fusion protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | Rhabdovirus glycoprotein / Rhabdovirus spike glycoprotein / membrane => GO:0016020 / viral envelope / virion membrane / Glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Rabies virus (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Callaway, H.M. / Zyla, D. / Larrous, F. / Dias de Melo, G. / Hastie, K.M. / Avalos, R.D. / Agarwal, A. / Bouhry, H. / Corti, D. / Saphire, E.O. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the rabies virus glycoprotein trimer bound to a prefusion-specific neutralizing antibody. 著者: Heather M Callaway / Dawid Zyla / Florence Larrous / Guilherme Dias de Melo / Kathryn M Hastie / Ruben Diaz Avalos / Alyssa Agarwal / Davide Corti / Hervé Bourhy / Erica Ollmann Saphire / 要旨: Rabies infection is nearly 100% lethal if untreated and kills more than 50,000 people annually, many of them children. Existing rabies vaccines target the rabies virus glycoprotein (RABV-G) but ...Rabies infection is nearly 100% lethal if untreated and kills more than 50,000 people annually, many of them children. Existing rabies vaccines target the rabies virus glycoprotein (RABV-G) but generate short-lived immune responses, likely because the protein is heterogeneous under physiological conditions. Here, we report the 3.39 Å cryo-electron microscopy structure of trimeric, prefusion RABV-G complexed with RVA122, a potently neutralizing human antibody. RVA122 binds to a quaternary epitope at the top of RABV-G, bridging domains and stabilizing RABV-G protomers in a prefusion state. RABV-G trimerization involves side-to-side interactions between the central α helix and adjacent loops, rather than contacts between central helices, and interactions among the fusion loops at the glycoprotein base. These results provide a basis from which to develop improved rabies vaccines based on RABV-G stabilized in the prefusion conformation. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u9g.cif.gz | 330.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7u9g.ent.gz | 268.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u9g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u9g_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7u9g_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u9g_validation.xml.gz | 56.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u9g_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/7u9g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49273.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rabies virus (ウイルス) / 株: Pasteur vaccins / PV / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08667 #2: 抗体 | 分子量: 23449.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #3: 抗体 | 分子量: 28196.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rabies virus glycoprotein pre-fusion trimer in complex with neutralizing antibody RVA122 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS pH 7.4 with 0.09mM LMNG | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223093 / 対称性のタイプ: POINT |