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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u67 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of E. coli dGTPase bound to T7 bacteriophage protein Gp1.2 and GTP | ||||||||||||
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![]() | HYDROLASE / dGTPase / inhibitor / complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() dGTPase / dGTPase activity / dGTP catabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / cobalt ion binding / manganese ion binding / single-stranded DNA binding / DNA replication / GTPase activity / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
![]() | Klemm, B.P. / Hsu, A.L. / Borgnia, M.J. / Schaaper, R.M. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism by which T7 bacteriophage protein Gp1.2 inhibits dGTPase. 著者: Bradley P Klemm / Deepa Singh / Cassandra E Smith / Allen L Hsu / Lucas B Dillard / Juno M Krahn / Robert E London / Geoffrey A Mueller / Mario J Borgnia / Roel M Schaaper / ![]() 要旨: Levels of the cellular dNTPs, the direct precursors for DNA synthesis, are important for DNA replication fidelity, cell cycle control, and resistance against viruses. encodes a dGTPase (2'- ...Levels of the cellular dNTPs, the direct precursors for DNA synthesis, are important for DNA replication fidelity, cell cycle control, and resistance against viruses. encodes a dGTPase (2'-deoxyguanosine-5'-triphosphate [dGTP] triphosphohydrolase [dGTPase]; gene, Dgt) that establishes the normal dGTP level required for accurate DNA replication but also plays a role in protecting against bacteriophage T7 infection by limiting the dGTP required for viral DNA replication. T7 counteracts Dgt using an inhibitor, the gene product (Gp1.2). This interaction is a useful model system for studying the ongoing evolutionary virus/host "arms race." We determined the structure of Gp1.2 by NMR spectroscopy and solved high-resolution cryo-electron microscopy structures of the Dgt-Gp1.2 complex also including either dGTP substrate or GTP coinhibitor bound in the active site. These structures reveal the mechanism by which Gp1.2 inhibits Dgt and indicate that Gp1.2 preferentially binds the GTP-bound form of Dgt. Biochemical assays reveal that the two inhibitors use different modes of inhibition and bind to Dgt in combination to yield enhanced inhibition. We thus propose an in vivo inhibition model wherein the Dgt-Gp1.2 complex equilibrates with GTP to fully inactivate Dgt, limiting dGTP hydrolysis and preserving the dGTP pool for viral DNA replication. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 760 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 583.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26362MC ![]() 7u65C ![]() 7u66C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59470.863 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: dgt, b0160, JW0156 / プラスミド: pET30-Ek / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10595.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The additional N-terminal sequence is retained after cleavage of the expression tag with TEV protease. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GTP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Frozen stocks were thawed and mixed to a final concentration of 1.25:1 Gp1.2 to dGTPase (monomer) along with 1 mM GTP | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 290 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA / 詳細: Defocus values as determined by CTFFIND-4.1 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 45000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 750 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8.4 sec. / 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1108 |
画像スキャン | 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 60 |
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解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: 1004 micrographs used after manually eliminating micrographs with poor CTF fit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 568611 / 詳細: Laplacian-of-Gaussian auto-picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 130940 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 119 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL 詳細: The dGTPase-Gp1.2 cryo-EM model was fit into the EM map, then the GTP built in using Coot. |