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万見
- PDB-7u5e: I-F3b Cascade-TniQ partial R-loop complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u5e
タイトルI-F3b Cascade-TniQ partial R-loop complex
要素
  • Cas6
  • Cas7
  • Cas8/5
  • Non-target strand DNA
  • Target strand DNA
  • TniQ
  • crRNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / CRISPR-Cas / Transposon / CAST / Cascade / I-F / I-F3 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Aeromonas salmonicida (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å
データ登録者Park, J.U. / Mehrotra, E. / Kellogg, E.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00-GM124463 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM144566 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Multiple adaptations underly co-option of a CRISPR surveillance complex for RNA-guided DNA transposition.
著者: Jung-Un Park / Michael T Petassi / Shan-Chi Hsieh / Eshan Mehrotra / Gabriel Schuler / Jagat Budhathoki / Vinh H Truong / Summer B Thyme / Ailong Ke / Elizabeth H Kellogg / Joseph E Peters /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are natural RNA-directed transposition systems. We demonstrate that transposon protein TniQ plays a central role in promoting R-loop formation by RNA-guided DNA- ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are natural RNA-directed transposition systems. We demonstrate that transposon protein TniQ plays a central role in promoting R-loop formation by RNA-guided DNA-targeting modules. TniQ residues, proximal to CRISPR RNA (crRNA), are required for recognizing different crRNA categories, revealing an unappreciated role of TniQ to direct transposition into different classes of crRNA targets. To investigate adaptations allowing CAST elements to utilize attachment sites inaccessible to CRISPR-Cas surveillance complexes, we compared and contrasted PAM sequence requirements in both I-F3b CAST and I-F1 CRISPR-Cas systems. We identify specific amino acids that enable a wider range of PAM sequences to be accommodated in I-F3b CAST elements compared with I-F1 CRISPR-Cas, enabling CAST elements to access attachment sites as sequences drift and evade host surveillance. Together, this evidence points to the central role of TniQ in facilitating the acquisition of CRISPR effector complexes for RNA-guided DNA transposition.
履歴
登録2022年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: crRNA
2: Target strand DNA
3: Non-target strand DNA
A: Cas8/5
B: Cas7
C: Cas7
D: Cas7
E: Cas7
F: Cas7
G: Cas7
H: Cas6
I: TniQ
J: TniQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)520,48513
ポリマ－520,48513
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 1

#1: RNA鎖 crRNA


分子量: 19399.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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DNA鎖 , 2種, 2分子 23

#2: DNA鎖 Target strand DNA


分子量: 35613.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
#3: DNA鎖 Non-target strand DNA


分子量: 35737.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Aeromonas salmonicida (バクテリア)

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タンパク質 , 4種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#4: タンパク質 Cas8/5


分子量: 78728.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質
Cas7


分子量: 39105.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#6: タンパク質 Cas6


分子量: 23640.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: タンパク質 TniQ


分子量: 46366.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas salmonicida (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: I-F3b Cascade-TniQ Full R-loop complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Aeromonas salmonicida (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Topaz粒子像選択
3SerialEM画像取得
5WarpCTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Cootモデル精密化
11RosettaEMモデル精密化
12PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC初期オイラー角割当
14RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34800 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
原子モデル構築PDB-ID: 6PIF

6pif


Accession code: 6PIF / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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