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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u2o | ||||||
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タイトル | A novel compound mimics the structural and functional effects of the full agonist glycine on glycine channels-Expanded-open state | ||||||
要素 | Glycine receptor subunit alphaZ1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / glycine receptor / ion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / extracellularly glycine-gated ion channel activity / extracellularly glycine-gated chloride channel activity / synaptic transmission, glycinergic / cellular response to ethanol / cellular response to zinc ion / neurotransmitter receptor activity / regulation of neuron differentiation / glycine binding / chloride channel complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex / neuropeptide signaling pathway / response to amino acid / monoatomic ion transport / chloride transmembrane transport / central nervous system development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cellular response to amino acid stimulus / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / perikaryon / neuron projection / synapse / dendrite / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, H. / Gouaux, E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A novel compound mimics the structural and functional effects of the full agonist glycine on glycine channels-Expanded-open state 著者: Zhu, H. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u2o.cif.gz | 311 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u2o.ent.gz | 258 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u2o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u2o_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u2o_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7u2o_validation.xml.gz | 64.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u2o_validation.cif.gz | 86.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/7u2o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26317MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49824.625 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: glra1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O93430 #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | ChemComp-L2L / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 2.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 34.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5136 / 対称性のタイプ: POINT |