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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7txj | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of AFV6 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / helical symmetry / archaeal virus | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / Structural protein / Structural protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Krupovic, M. / Egelman, E.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM of AFV6 著者: Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Krupovic, M. / Egelman, E.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7txj.cif.gz | 85.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7txj.ent.gz | 62.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7txj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7txj_validation.pdf.gz | 783.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7txj_full_validation.pdf.gz | 783.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7txj_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7txj_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/7txj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26159MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-11040 (タイトル: Micrographs of viruses ATV and AFV6 / Data size: 218.0 Data #1: raw micrographs and gain reference [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 30
2 |
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3 |
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 30 / Rise per n subunits: 5.75 Å / Rotation per n subunits: 38.461 °) |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3659.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) #2: タンパク質 | | 分子量: 18593.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) 参照: UniProt: A7WKI9 #3: タンパク質 | | 分子量: 22751.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) 参照: UniProt: A7WKJ0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Acidianus filamentous virus 6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 38.46 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.75 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78141 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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