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万見
- PDB-7txj: Cryo-EM of AFV6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7txj
タイトルCryo-EM of AFV6
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
  • MCP1
  • MCP2
キーワードVIRUS / helical symmetry / archaeal virus
機能・相同性: / Major capsid protein 1, Sulfolobus islandicus filamentous virus / : / Filamentous archaeal viruses coat protein / DNA / DNA (> 10) / Structural protein / Structural protein
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Krupovic, M. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM of AFV6
著者: Wang, F. / Cvirkaite-Krupovic, V. / Krupovic, M. / Egelman, E.H.
履歴
登録2022年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月1日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月1日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年6月1日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
2: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
A: MCP1
a: MCP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6644
ポリマ－48,6644
非ポリマー00
水00
1
1: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
2: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')
A: MCP1
a: MCP2
x 30


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,459,920120
ポリマ－1,459,920120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation29
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 30 / Rise per n subunits: 5.75 Å / Rotation per n subunits: 38.461 °)

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3659.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
#2: タンパク質 MCP1


分子量: 18593.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
参照: UniProt: A7WKI9
#3: タンパク質 MCP2


分子量: 22751.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
参照: UniProt: A7WKJ0
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Acidianus filamentous virus 6 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Acidianus filamentous virus 6 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 38.46 ° / 軸方向距離/サブユニット: 5.75 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78141 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006101010
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.781139950
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.13818600
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04515690
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00515240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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