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- PDB-7tnq: The symmetry-released subpellicular microtubule map from detergen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tnq
タイトルThe symmetry-released subpellicular microtubule map from detergent-extracted Toxoplasma cells
要素
  • (PDI family protein) x 2
  • Microtubule associated protein SPM1
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL INVASION / parasites / Toxoplasma gondii / cytoskeleton / microtubules / tubulin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule binding / microtubule ...protein-disulfide reductase / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of protein ubiquitination / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Stabilizer of axonemal microtubules 1/2 / Thioredoxin-like / Thioredoxin-like fold / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PDI family protein / PDI family protein / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Microtubule associated protein SPM1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å
データ登録者Sun, S.Y. / Pintilie, G.D. / Chen, M.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD021600 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079429 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM121203 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH125285-01A1 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Cryo-ET of parasites gives subnanometer insight into tubulin-based structures.
著者: Stella Y Sun / Li-Av Segev-Zarko / Muyuan Chen / Grigore D Pintilie / Michael F Schmid / Steven J Ludtke / John C Boothroyd / Wah Chiu /
要旨: Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing ...Tubulin is a conserved protein that polymerizes into different forms of filamentous structures in , an obligate intracellular parasite in the phylum Apicomplexa. Two key tubulin-containing cytoskeletal components are subpellicular microtubules (SPMTs) and conoid fibrils (CFs). The SPMTs help maintain shape and gliding motility, while the CFs are implicated in invasion. Here, we use cryogenic electron tomography to determine the molecular structures of the SPMTs and CFs in vitrified intact and detergent-extracted parasites. Subvolume densities from detergent-extracted parasites yielded averaged density maps at subnanometer resolutions, and these were related back to their architecture in situ. An intralumenal spiral lines the interior of the 13-protofilament SPMTs, revealing a preferred orientation of these microtubules relative to the parasite's long axis. Each CF is composed of nine tubulin protofilaments that display a comma-shaped cross-section, plus additional associated components. Conoid protrusion, a crucial step in invasion, is associated with an altered pitch of each CF. The use of basic building blocks of protofilaments and different accessory proteins in one organism illustrates the versatility of tubulin to form two distinct types of assemblies, SPMTs and CFs.
履歴
登録2022年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Microtubule associated protein SPM1
1: Microtubule associated protein SPM1
10: Microtubule associated protein SPM1
11: Microtubule associated protein SPM1
12: Microtubule associated protein SPM1
13: Microtubule associated protein SPM1
14: Microtubule associated protein SPM1
15: Microtubule associated protein SPM1
16: Microtubule associated protein SPM1
17: Microtubule associated protein SPM1
18: Microtubule associated protein SPM1
19: Microtubule associated protein SPM1
2: Microtubule associated protein SPM1
20: Microtubule associated protein SPM1
21: Microtubule associated protein SPM1
22: Microtubule associated protein SPM1
23: Microtubule associated protein SPM1
3: Microtubule associated protein SPM1
4: Microtubule associated protein SPM1
5: Microtubule associated protein SPM1
6: Microtubule associated protein SPM1
7: Microtubule associated protein SPM1
8: Microtubule associated protein SPM1
9: Microtubule associated protein SPM1
A0: Tubulin alpha chain
A1: Tubulin beta chain
A2: Tubulin alpha chain
A3: Tubulin beta chain
A4: Tubulin alpha chain
A5: Tubulin beta chain
A6: Tubulin alpha chain
A7: Tubulin beta chain
A8: Tubulin alpha chain
A9: Tubulin beta chain
B0: Tubulin alpha chain
B1: Tubulin beta chain
B2: Tubulin alpha chain
B3: Tubulin beta chain
B4: Tubulin alpha chain
B5: Tubulin beta chain
B6: Tubulin alpha chain
B7: Tubulin beta chain
B8: Tubulin alpha chain
B9: Tubulin beta chain
C0: Tubulin alpha chain
C1: Tubulin beta chain
C2: Tubulin alpha chain
C3: Tubulin beta chain
C4: Tubulin alpha chain
C5: Tubulin beta chain
C6: Tubulin alpha chain
C7: Tubulin beta chain
C8: Tubulin alpha chain
C9: Tubulin beta chain
D0: Tubulin alpha chain
D1: Tubulin beta chain
D2: Tubulin alpha chain
D3: Tubulin beta chain
D4: Tubulin alpha chain
D5: Tubulin beta chain
D6: Tubulin alpha chain
D7: Tubulin beta chain
D8: Tubulin alpha chain
D9: Tubulin beta chain
E0: Tubulin alpha chain
E1: Tubulin beta chain
E2: Tubulin alpha chain
E3: Tubulin beta chain
E4: Tubulin alpha chain
E5: Tubulin beta chain
E6: Tubulin alpha chain
E7: Tubulin beta chain
E8: Tubulin alpha chain
E9: Tubulin beta chain
F0: Tubulin alpha chain
F1: Tubulin beta chain
a: PDI family protein
b: PDI family protein
c: PDI family protein
d: PDI family protein
e: PDI family protein
f: PDI family protein
g: PDI family protein
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j: PDI family protein
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n: PDI family protein
o: PDI family protein
p: PDI family protein
q: PDI family protein
r: PDI family protein
s: PDI family protein
t: PDI family protein
u: PDI family protein
v: PDI family protein
w: PDI family protein
x: PDI family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,124,593100
ポリマ－4,124,593100
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Microtubule associated protein SPM1


分子量: 38817.699 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ATCC 50611 / Me49 / 参照: UniProt: S8F1Y1
#2: タンパク質 ...
Tubulin alpha chain / Alpha-tubulin


分子量: 50166.645 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ME49 / 参照: UniProt: P10873
#3: タンパク質 ...
Tubulin beta chain


分子量: 50119.121 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ATCC 50611 / Me49 / 参照: UniProt: A0A125YWG5
#4: タンパク質
PDI family protein


分子量: 24939.332 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ATCC 50611 / Me49 / 参照: UniProt: A0A125YMM3, protein-disulfide reductase
#5: タンパク質
PDI family protein


分子量: 21687.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ATCC 50611 / Me49 / 参照: UniProt: A0A125YFI4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: microtubule complex of tubulin and intra-luminal proteins
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) / 株: ME49
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Phosphate Buffered Saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 0.9 sec. / 電子線照射量: 4.2 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 132 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 6

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.3モデルフィッティング
12EMAN2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39122 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 90 / Num. of volumes extracted: 39122
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築PDB-ID: 7MIZ

7miz


Accession code: 7MIZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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