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万見
- PDB-7tlj: Rhodobacter sphaeroides Mitochondrial respiratory chain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tlj
タイトルRhodobacter sphaeroides Mitochondrial respiratory chain complex
要素
  • 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mitochondrial respiratory chain complex / cytochrome bc1 / inhibitors / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-LOP / Chem-PQU / 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex / Cytochrome c1 / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Xia, D. / Zhou, F. / Esser, L. / Huang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Conformation Switch of Rieske ISP subunit is revealed by the Crystal Structure of Bacterial Cytochrome bc1 in Complex with Azoxystrobin
著者: Xia, D. / Esser, L. / Zhou, F.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b
B: Cytochrome c1
C: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
D: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
E: Cytochrome b
F: Cytochrome c1
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
H: 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,17020
ポリマ－228,0418
非ポリマー6,12912
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 50087.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02761
#2: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 29589.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cyt c1 with c-terminal hexa his tag
由来: (組換発現) Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
遺伝子: petC, fbcC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02760
#3: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP


分子量: 19928.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02762, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 14 kDa peptide of ubiquinol-cytochrome c2 oxidoreductase complex


分子量: 14415.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: This is the natural subunit IV. Only one helix could be determined. Subunit IV has turned out to be rather elusive in numerous crystal structures - it was never determined i.e. got lost ...詳細: This is the natural subunit IV. Only one helix could be determined. Subunit IV has turned out to be rather elusive in numerous crystal structures - it was never determined i.e. got lost during crystallization. Here in our CryoEM structure we see it for the first time - even though only one helix
由来: (天然) Cereibacter sphaeroides (バクテリア) / 参照: UniProt: P16536

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非ポリマー , 5種, 12分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-PQU / (5S)-3-anilino-5-methyl-5-(6-phenoxypyridin-3-yl)-1,3-oxazolidine-2,4-dione


分子量: 375.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-LOP / (1R)-2-{[(R)-(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(DODECANOYLOXY)METHYL]ETHYL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / LAURYL OLEYL PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE


分子量: 661.890 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H68NO8P / コメント: リン脂質*YM
#8: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cytochrome bc1 complex of rhodobacter sphaeroides inhibited by pyramoxadone
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量値: 250 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRIS HydrochlorideTrisHCl1
20.16 %Sucrose mono caprateSMC1
30.01 %DigitoninGDN1
41 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Cytochrome bc1 complex from Rhodobacter sphaeroides with inhibitor pyramoxadone (PQ4), frozen stock 84 mg/ml. dilute to 8 mg/ml in buffer 50mM TrisHCl, pH7.5/0.16% SMC/0.01% GDN/1mM EDTA
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: 3 ul of sample blot for 3 sec. blot force 20. glow discharge for 60 sec with easy glow

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 60241 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 836 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3434 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 54.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 20306 / 詳細: 0.05s per frame for total 50 frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 4092 / 縦: 5760

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20_4444精密化
PHENIX1.20_4444精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cisTEM1.0.0粒子像選択beta
2SerialEM3.8.11画像取得
4cisTEM1.0.0CTF補正beta
10cisTEM1.0.0初期オイラー角割当beta
11cisTEM1.0.0最終オイラー角割当beta
12cisTEM1.0.0分類beta
13cisTEM1.0.0３次元再構成beta
14SerialEM3.8.11画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5498641
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 725256 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 56.36 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005114732
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.684420182
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04232124
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00632542
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.36895080

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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