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- PDB-7ti5: Adeno-associated virus Go.1 in Complex With Its Cellular Receptor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ti5
タイトルAdeno-associated virus Go.1 in Complex With Its Cellular Receptor AAVR at 2.4 Angstroms Resolution, AAVGo.1 AAVR
要素
  • Capsid protein
  • Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / AAVGo.1 / AAV / AAV-Go / AAVR / adeno-associated virus / PKD domain / parvovirus / gene therapy / receptor / adeno-associated virus receptor / PKD1 / PKD
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / Golgi membrane / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain ...Dyslexia-associated protein KIAA0319-like / MANSC domain / MANSC domain profile. / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Silveria, M. / Large, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2022
タイトル: Cross-Species Permissivity: Structure of a Goat Adeno-Associated Virus and Its Complex with the Human Receptor AAVR.
著者: Edward E Large / Mark A Silveria / Onellah Weerakoon / Tommi A White / Michael S Chapman /
要旨: Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains ...Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite virus of high interest (in recombinant form) as a safe and effective gene therapy vector. AAV's human cell entry receptor (AAVR) contains polycystic kidney disease (PKD) domains bound by AAV. Seeking understanding of the spectrum of interactions, goat AAVGo.1 is investigated, because its host is the species most distant from human with reciprocal cross-species cell susceptibility. The structure of AAVGo.1, solved by cryo-EM to 2.9 Å resolution, is most similar to AAV5. Through ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay) studies, it is shown that AAVGo.1 binds to human AAVR more strongly than do AAV2 or AAV5, and that it joins AAV5 in a class that binds exclusively to PKD domain 1 (PKD1), in contrast to other AAVs that interact primarily with PKD2. The AAVGo.1 cryo-EM structure of a complex with a PKD12 fragment of AAVR at 2.4 Å resolution shows PKD1 bound with minimal change in virus structure. There are only minor conformational adaptations in AAVR, but there is a near-rigid rotation of PKD1 with maximal displacement of the receptor domain by ~1 Å compared to PKD1 bound to AAV5. AAVGo.1 joins AAV5 as the second member of an emerging class of AAVs whose mode of receptor-binding is completely different from other AAVs, typified by AAV2. Adeno-associated virus (AAV) is a small ssDNA satellite parvovirus. As a recombinant vector with a protein shell encapsidating a transgene, recombinant AAV (rAAV) is a leading delivery vehicle for gene therapy, with two FDA-approved treatments and 150 clinical trials for 30 diseases. The human entry receptor AAVR has five PKD domains. To date, all serotypes, except AAV5, have interacted primarily with the second PKD domain, PKD2. Goat is the AAV host most distant from human with cross-species cell infectivity. AAVGo.1 is similar in structure to AAV5, the two forming a class with a distinct mode of receptor-binding. Within the two classes, binding interactions are mostly conserved, giving an indication of the latitude available in modulating delivery vectors.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _refine.ls_d_res_high
改定 1.22022年12月21日Group: Structure summary / カテゴリ: struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 1.32023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,5292
ポリマ－112,5292
非ポリマー00
水00
1
Z: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Negative stain EM and ELISA
  • 6.75 MDa, 120 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,751,739120
ポリマ－6,751,739120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
Z: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 563 kDa, 10 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)562,64510
ポリマ－562,64510
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
Z: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 675 kDa, 12 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)675,17412
ポリマ－675,17412
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / Adeno-associated virus receptor / AAVR


分子量: 31837.385 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 311-597 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0319L, AAVR, KIAA1837, PP791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZA0
#2: タンパク質 Capsid protein / VP1


分子量: 80691.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
遺伝子: cap
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5XXZ6

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS
詳細: Expressed using SF9 cells with a pfastbac LIC vector. Purified with cesium chloride ultracentrifugation.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 3.746 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)272636AAV Go.1
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
31Escherichia coli (大腸菌)562
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Capsid, VP3 / 直径: 250 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
225 mMMagnesium chlorideMgCl21
325 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse
試料支持グリッドの材料: COPPER
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: Two 2uL aliquots applied to grid (manual blotting between), prior to automated 3 second blot before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 6400 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 93 K
撮影電子線照射量: 32.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 詳細: Pixel size was 0.664 angstrom.
画像スキャン横: 11520 / 縦: 8184

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
7Cootモデルフィッティング
9RSRef0.5.8モデル精密化
10CNS1.3モデル精密化with embedded RSRef 0.5.6
12RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction was performed per particle / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択詳細: LoG Picker was used for initial automated particle selection. Templates were then generated by 2D classification, followed by particle template selection in Relion 3.0.
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71094 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Least-squares residual
詳細: Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics ...詳細: Stand-alone RSRef was used for refinement of magnification, resolution, envelope correction and atomic B-factors. This was alternated with RSRef-embedded CNS was used for molecular dynamics optimization (1st round) and stereochemically-restrained all-atom least-squares optimization.
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 7KPN / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 7KPN

7kpn

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2Z
精密化最高解像度: 2.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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