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- PDB-7t6e: Cryo-EM of NBD-ffsy filaments (class 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t6e
タイトルCryo-EM of NBD-ffsy filaments (class 1)
要素NBD-ffsy peptide
キーワードPROTEIN FIBRIL / transcytosis / hydrogel / peptides / nanofibers / spheroids / self-assembly peptide filament
機能・相同性polypeptide(D)
機能・相同性情報
生物種Synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, F. / Guo, J. / Xu, B. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA142746 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-2011846 米国
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023
タイトル: Cell spheroid creation by transcytotic intercellular gelation.
著者: Jiaqi Guo / Fengbin Wang / Yimeng Huang / Hongjian He / Weiyi Tan / Meihui Yi / Edward H Egelman / Bing Xu /
要旨: Cell spheroids bridge the discontinuity between in vitro systems and in vivo animal models. However, inducing cell spheroids by nanomaterials remains an inefficient and poorly understood process. ...Cell spheroids bridge the discontinuity between in vitro systems and in vivo animal models. However, inducing cell spheroids by nanomaterials remains an inefficient and poorly understood process. Here we use cryogenic electron microscopy to determine the atomic structure of helical nanofibres self-assembled from enzyme-responsive D-peptides and fluorescent imaging to show that the transcytosis of D-peptides induces intercellular nanofibres/gels that potentially interact with fibronectin to enable cell spheroid formation. Specifically, D-phosphopeptides, being protease resistant, undergo endocytosis and endosomal dephosphorylation to generate helical nanofibres. On secretion to the cell surface, these nanofibres form intercellular gels that act as artificial matrices and facilitate the fibrillogenesis of fibronectins to induce cell spheroids. No spheroid formation occurs without endo- or exocytosis, phosphate triggers or shape switching of the peptide assemblies. This study-coupling transcytosis and morphological transformation of peptide assemblies-demonstrates a potential approach for regenerative medicine and tissue engineering.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NBD-ffsy peptide
B: NBD-ffsy peptide
C: NBD-ffsy peptide
D: NBD-ffsy peptide
E: NBD-ffsy peptide
F: NBD-ffsy peptide
G: NBD-ffsy peptide
H: NBD-ffsy peptide
I: NBD-ffsy peptide
J: NBD-ffsy peptide
K: NBD-ffsy peptide
L: NBD-ffsy peptide
M: NBD-ffsy peptide
N: NBD-ffsy peptide
O: NBD-ffsy peptide
P: NBD-ffsy peptide
Q: NBD-ffsy peptide
R: NBD-ffsy peptide
S: NBD-ffsy peptide
T: NBD-ffsy peptide
U: NBD-ffsy peptide
V: NBD-ffsy peptide
W: NBD-ffsy peptide
X: NBD-ffsy peptide
Y: NBD-ffsy peptide
Z: NBD-ffsy peptide
0: NBD-ffsy peptide
1: NBD-ffsy peptide
2: NBD-ffsy peptide
3: NBD-ffsy peptide
4: NBD-ffsy peptide
5: NBD-ffsy peptide
6: NBD-ffsy peptide
7: NBD-ffsy peptide
8: NBD-ffsy peptide
9: NBD-ffsy peptide
a: NBD-ffsy peptide
b: NBD-ffsy peptide
c: NBD-ffsy peptide
d: NBD-ffsy peptide
e: NBD-ffsy peptide
f: NBD-ffsy peptide
g: NBD-ffsy peptide
h: NBD-ffsy peptide
i: NBD-ffsy peptide
j: NBD-ffsy peptide
k: NBD-ffsy peptide
l: NBD-ffsy peptide
m: NBD-ffsy peptide
n: NBD-ffsy peptide
o: NBD-ffsy peptide
p: NBD-ffsy peptide
q: NBD-ffsy peptide
r: NBD-ffsy peptide
s: NBD-ffsy peptide
t: NBD-ffsy peptide
u: NBD-ffsy peptide
v: NBD-ffsy peptide
w: NBD-ffsy peptide
x: NBD-ffsy peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,80760
ポリマ－47,80760
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area42390 Å2
ΔGint-243 kcal/mol
Surface area11810 Å2

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要素

#1: Polypeptide(D) ...
NBD-ffsy peptide


分子量: 796.783 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: self-assemble NBD-ffsy nanotube / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 35.77 ° / 軸方向距離/サブユニット: 0.483 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 677537 / 詳細: map:map FSC and model:map FSC / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.123720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d4.8865040
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.416960
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.232240
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.019600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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