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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t3o | |||||||||
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タイトル | Rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2) in low Cl condition | |||||||||
要素 | Vesicular glutamate transporter 2 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / synaptic vesicle / neurotransmitter / glutamate transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / L-glutamate import / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression ...sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / L-glutamate uniporter activity / phosphate ion uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / L-glutamate import / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate transmembrane transport / phosphate ion transport / potassium:proton antiporter activity / L-glutamate transmembrane transporter activity / phosphate ion homeostasis / neurotransmitter transmembrane transporter activity / neural retina development / monoatomic anion transport / regulation of synapse structure or activity / chloride channel activity / chloride channel complex / excitatory synapse / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / early endosome / neuron projection / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, F. / Stroud, R.M. / Edwards, R.H. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Substrate Recognition, Directional Flux, and Allostery in a Synaptic Vesicle Glutamate Transporter 著者: Li, F. / Stroud, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t3o.cif.gz | 89 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t3o.ent.gz | 65 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t3o_validation.pdf.gz | 838.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t3o_full_validation.pdf.gz | 840.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7t3o_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t3o_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/7t3o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64637.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Slc17a6, Dnpi, Vglut2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9JI12 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: complex of WT VGLUT2 with a Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 20000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 5000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 152461 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6V4D 6v4d Accession code: 6V4D / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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