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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t2p | |||||||||
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タイトル | The Envelope Glycoprotein SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of the neutralizing antibody K11 | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SIV / Env / vaccine / neutralizing antibody / glycoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / host cell endosome membrane / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Berndsen, Z.T. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Molecular insights into antibody-mediated protection against the prototypic simian immunodeficiency virus. 著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / ...著者: Fangzhu Zhao / Zachary T Berndsen / Nuria Pedreño-Lopez / Alison Burns / Joel D Allen / Shawn Barman / Wen-Hsin Lee / Srirupa Chakraborty / Sandrasegaram Gnanakaran / Leigh M Sewall / Gabriel Ozorowski / Oliver Limbo / Ge Song / Peter Yong / Sean Callaghan / Jessica Coppola / Kim L Weisgrau / Jeffrey D Lifson / Rebecca Nedellec / Thomas B Voigt / Fernanda Laurino / Johan Louw / Brandon C Rosen / Michael Ricciardi / Max Crispin / Ronald C Desrosiers / Eva G Rakasz / David I Watkins / Raiees Andrabi / Andrew B Ward / Dennis R Burton / Devin Sok / 要旨: SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing ...SIVmac239 infection of macaques is a favored model of human HIV infection. However, the SIVmac239 envelope (Env) trimer structure, glycan occupancy, and the targets and ability of neutralizing antibodies (nAbs) to protect against SIVmac239 remain unknown. Here, we report the isolation of SIVmac239 nAbs that recognize a glycan hole and the V1/V4 loop. A high-resolution structure of a SIVmac239 Env trimer-nAb complex shows many similarities to HIV and SIVcpz Envs, but with distinct V4 features and an extended V1 loop. Moreover, SIVmac239 Env has a higher glycan shield density than HIV Env that may contribute to poor or delayed nAb responses in SIVmac239-infected macaques. Passive transfer of a nAb protects macaques from repeated intravenous SIVmac239 challenge at serum titers comparable to those described for protection of humans against HIV infection. Our results provide structural insights for vaccine design and shed light on antibody-mediated protection in the SIV model. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7t2p.cif.gz | 210.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7t2p.ent.gz | 166.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7t2p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7t2p_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7t2p_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7t2p_validation.xml.gz | 45.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7t2p_validation.cif.gz | 64.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/7t2p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/7t2p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25621MC 7t4gC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: C1 (非対称)) |
-要素
-Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 60324.441 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-525 / 変異: K180S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A5C0E975 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 18144.600 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 515-662 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: L7XFX7 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#3: 抗体 | 分子量: 53290.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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#4: 抗体 | 分子量: 25293.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-糖 , 7種, 25分子
#5: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||||
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#6: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SIVmac239.K180S SOSIP trimer in complex with 3 copies of K11 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 177365 / 対称性のタイプ: POINT |