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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7syh | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the HCV IRES binding to the 40S ribosomal subunit, closed conformation. Structure 2(delta dII) | |||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / HCV / IRES / 40S | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() : / ribosomal subunit / negative regulation of RNA splicing / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup ...: / ribosomal subunit / negative regulation of RNA splicing / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / laminin receptor activity / mammalian oogenesis stage / activation-induced cell death of T cells / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / phagocytic cup / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / TOR signaling / T cell proliferation involved in immune response / ribosomal small subunit export from nucleus / erythrocyte development / translation regulator activity / cytosolic ribosome / laminin binding / rough endoplasmic reticulum / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / gastrulation / MDM2/MDM4 family protein binding / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cellular response to leukemia inhibitory factor / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / positive regulation of protein-containing complex assembly / placenta development / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / modification-dependent protein catabolic process / spindle / G1/S transition of mitotic cell cycle / rRNA processing / protein tag activity / rhythmic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ribosome binding / glucose homeostasis / virus receptor activity / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cell body / T cell differentiation in thymus / perikaryon / cytosolic small ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / postsynaptic density / cell differentiation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / cell cycle / cell division / DNA repair / centrosome / mRNA binding / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / synapse / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Brown, Z.P. / Abaeva, I.S. / De, S. / Hellen, C.U.T. / Pestova, T.V. / Frank, J. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular architecture of 40S initiation complexes on the Hepatitis C virus IRES: from ribosomal attachment to eIF5B-mediated reorientation of initiator tRNA 著者: Brown, Z.P. / Abaeva, I.S. / De, S. / Hellen, C.U.T. / Pestova, T.V. / Frank, J. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 156.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 258.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25528MC ![]() 7sygC ![]() 7synC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 2z
#1: RNA鎖 | 分子量: 603100.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#36: RNA鎖 | 分子量: 128746.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
-40S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 BCFIWZabg
#2: タンパク質 | 分子量: 32958.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 47356.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 15237.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#27: タンパク質 | 分子量: 13645.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 11645.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 21431.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+タンパク質 , 24種, 24分子 DEGHJKLMNOPQRSTUVXYcdefh
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 3分子 n![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#35: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#37: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#27, #29-#36 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 値: 2 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 7.5E-5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: H2/O2 mixture for 25 seconds at 25W power / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 4 second blot time, force 3 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 52000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.26 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 70.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28684 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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