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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sun | ||||||
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タイトル | Atomic model of prestin from gerbil (Meriones unguiculatus) | ||||||
要素 | Prestin, Enhanced Yellow Fluorescent Protein chimera | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / MOTOR PROTEIN / Prestin (Slc26a5) / cochlear amplification / NonLinear Capacitance | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / chloride:bicarbonate antiporter activity / bicarbonate transport / chloride transport / lateral plasma membrane / sensory perception of sound / regulation of cell shape / basolateral plasma membrane / protein homodimerization activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meriones unguiculatus (スナネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Butan, C. / Santos-Sacchi, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Single particle cryo-EM structure of the outer hair cell motor protein prestin. 著者: Carmen Butan / Qiang Song / Jun-Ping Bai / Winston J T Tan / Dhasakumar Navaratnam / Joseph Santos-Sacchi / 要旨: The mammalian outer hair cell (OHC) protein prestin (Slc26a5) differs from other Slc26 family members due to its unique piezoelectric-like property that drives OHC electromotility, the putative ...The mammalian outer hair cell (OHC) protein prestin (Slc26a5) differs from other Slc26 family members due to its unique piezoelectric-like property that drives OHC electromotility, the putative mechanism for cochlear amplification. Here, we use cryo-electron microscopy to determine prestin's structure at 3.6 Å resolution. Prestin is structurally similar to the anion transporter Slc26a9. It is captured in an inward-open state which may reflect prestin's contracted state. Two well-separated transmembrane (TM) domains and two cytoplasmic sulfate transporter and anti-sigma factor antagonist (STAS) domains form a swapped dimer. The transmembrane domains consist of 14 transmembrane segments organized in two 7+7 inverted repeats, an architecture first observed in the bacterial symporter UraA. Mutation of prestin's chloride binding site removes salicylate competition with anions while retaining the prestin characteristic displacement currents (Nonlinear Capacitance), undermining the extrinsic voltage sensor hypothesis for prestin function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sun.cif.gz | 247.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sun.ent.gz | 192.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sun_validation.pdf.gz | 965.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sun_full_validation.pdf.gz | 977.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7sun_validation.xml.gz | 43.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sun_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7sun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/7sun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 111865.805 Da / 分子数: 2 / 断片: prestin + linker + eYFP / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meriones unguiculatus (スナネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物) 遺伝子: SLC26A5, PRES, eYFP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9JKQ2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Prestin dimer surrounded by a belt of detergent / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Meriones unguiculatus (スナネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES, 200 mM NaCl, 0.02% GDN, pH 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2150 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1150 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111863 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6RTF Accession code: 6RTF / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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