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- PDB-7sqy: CSDaV GFP mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sqy
タイトルCSDaV GFP mutant
要素Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
キーワードVIRUS / Capsid / coat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain ...Peptidase C21 / Tymovirus endopeptidase domain / Salyut domain / Tymovirus endopeptidase / Salyut domain / Peptidase family C21 domain profile. / Tymovirus coat protein / Tymovirus coat protein / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Viral coat protein subunit / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus sudden death-associated virus (ウイルス)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Guo, F. / Matsumura, E.E. / Falk, B.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
United States Department of Agriculture (USDA) 米国
引用ジャーナル: Biotechnol Rep (Amst) / 年: 2022
タイトル: Citrus sudden death-associated virus as a new expression vector for rapid production of heterologous proteins, chimeric virions, and virus-like particles.
著者: Emilyn E Matsumura / Fei Guo / Daan Boogers / Dennis van Oevelen / Sandra T Vu / Bryce W Falk /
要旨: The more we understand the strategies used by viruses for protein expression, the more possibilities we have to exploit viruses as expression vectors for heterologous protein production. Advances in ...The more we understand the strategies used by viruses for protein expression, the more possibilities we have to exploit viruses as expression vectors for heterologous protein production. Advances in the development of virus-based expression systems have been possible due to generation of many virus infectious clones, especially those derived from plant viruses, which have the capability for rapid and high-level transient expression of proteins in plant cells, a robust and low-cost bioreactor. In this work, we generated new replicative virus expression vectors based on a previously constructed citrus sudden death-associated virus (CSDaV) infectious cDNA clone. These vectors were generated to express the reporter green fluorescent protein (GFP) in leaves by taking advantage of the expression strategies used by CSDaV to produce its structural proteins. We show that higher amounts of GFP can be produced from a coat protein (CP)-independent CSDaV-based vector, compared to levels of GFP expressed from a widely used non-replicative vector (pEAQ series); or GFP can be produced in fusion with the major CSDaV CP (CPp21) to be incorporated into chimeric virions. However, GFP-recombinant CSDaV virions do not appear uniformly assembled, but more likely as mosaic particles. Cryo-electron microscopy analysis from this work revealed the structures of the wild-type and the GFP-recombinant CSDaV virions, but it was not able to reveal where exactly the GFP is displayed in the chimeric virions. We show though that the incorporation of GFP-CPp21 fusion protein into virions occurs solely due to its interaction with free/non-fused CPp21, independent of other viral proteins. Therefore, individual co-expression of GFP-CPp21 and CPp21 in the same plant cells leads to the production of chimeric virus-like particles (VLPs), while GFP-CPp21 fusion protein itself is not able to self-assemble into VLPs. The new CSDaV-based expression vectors may provide an alternative platform for use in molecular farming, either for production of heterologous proteins or as scaffold for heterologous protein display.
履歴
登録2021年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
B: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
C: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0763
ポリマ－148,0763
非ポリマー00
水00
1
A: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
B: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
C: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,884,543180
ポリマ－8,884,543180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
B: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
C: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 740 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)740,37915
ポリマ－740,37915
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
B: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
C: Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 888 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)888,45418
ポリマ－888,45418
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein,Green fluorescent protein,Citrus Sudden Death-associated Virus Capsid Protein


分子量: 49358.574 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminus MQSDTLLP is from p25, GFP is sandwiched by two viral protease cleavage sites LTGG and LTGGFS, which is followed by p21
由来: (組換発現) Citrus sudden death-associated virus (ウイルス), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP
発現宿主: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
参照: UniProt: Q3HWZ1, UniProt: P42212

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Citrus sudden death-associated virus / タイプ: VIRUS
詳細: GFP is linked at the N-terminus of each capsid protein.
Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K
詳細: blot for 8 seconds before plunging with -2mm off set

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
詳細: Direct alignment is done from microscope side, then COMA free alignment and CTF based astigmatism correction is done using SerialEM.
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 56818 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7890

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION3.1CTF補正CTffind4
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 60337 / 詳細: LoG based particle selection using Relion 3.1
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12732 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 詳細: Relion is used for finial reconstruction / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
詳細: Ab initio model of an ASU is built in Coot and the corresponding density map is then cut out using UCSF Chimera. The model is then refined in Phenix.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 23.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00343951
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55015405
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443640
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032687
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.058565

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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