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万見
- PDB-7spk: Models for C16 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7spk
タイトルModels for C16 reconstruction of Outer Membrane Core Complex (OMCC) of Type IV Secretion System (T4SS) encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
要素
  • TraB
  • TraV
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Symmetry alteration / Symmetry mismatch / Drug resistance / Type IV secretion system (T4SS)
機能・相同性Type IV conjugative transfer system protein TraV / Type IV conjugative transfer system lipoprotein (TraV) / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / TraV / TraB
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhi (サルモネラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Liu, X. / Khara, P. / Baker, M.L. / Christie, P.J. / Hu, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of a type IV secretion system core complex encoded by multi-drug resistance F plasmids.
著者: Xiangan Liu / Pratick Khara / Matthew L Baker / Peter J Christie / Bo Hu /
要旨: Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded ...Bacterial type IV secretion systems (T4SSs) are largely responsible for the proliferation of multi-drug resistance. We solved the structure of the outer-membrane core complex (OMCC) of a T4SS encoded by a conjugative F plasmid at <3.0 Å resolution by cryoelectron microscopy. The OMCC consists of a 13-fold symmetrical outer ring complex (ORC) built from 26 copies of TraK and TraV C-terminal domains, and a 17-fold symmetrical central cone (CC) composed of 17 copies of TraB β-barrels. Domains of TraV and TraB also bind the CC and ORC substructures, establishing that these proteins undergo an intraprotein symmetry alteration to accommodate the C13:C17 symmetry mismatch. We present evidence that other pED208-encoded factors stabilize the C13:C17 architecture and define the importance of TraK, TraV and TraB domains to T4SS function. This work identifies OMCC structural motifs of proposed importance for structural transitions associated with F plasmid dissemination and F pilus biogenesis.
履歴
登録2021年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24773
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24773
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AB1: TraV
AB2: TraV
AB3: TraV
AB4: TraV
AB5: TraV
AB6: TraV
AB7: TraV
AB8: TraV
AB9: TraV
AB10: TraV
AB11: TraV
AB12: TraV
AB13: TraV
AB14: TraV
AB15: TraV
AB16: TraV
EF1: TraB
EF2: TraB
EF3: TraB
EF4: TraB
EF5: TraB
EF6: TraB
EF7: TraB
EF8: TraB
EF9: TraB
EF10: TraB
EF11: TraB
EF12: TraB
EF13: TraB
EF14: TraB
EF15: TraB
EF16: TraB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,099,01832
ポリマ－1,099,01832
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
TraV


分子量: 20928.650 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: traV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNL2
#2: タンパク質
TraB


分子量: 47759.957 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: traB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNL7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Outer membrane core complex of T4SS encoded by a plasmid overproducing TraV, TraK and TraB of pED208
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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