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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7sj1 | ||||||
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タイトル | Structure of shaker-W434F | ||||||
要素 | Potassium voltage-gated channel protein Shaker | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / potassium channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep ...mating behavior, sex discrimination / Phase 3 - rapid repolarisation / behavioral response to ether / Voltage gated Potassium channels / proboscis extension reflex / larval locomotory behavior / regulation of synaptic activity / courtship behavior / positive regulation of membrane potential / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / detection of visible light / sleep / cellular response to dopamine / voltage-gated monoatomic cation channel activity / delayed rectifier potassium channel activity / axon extension / voltage-gated potassium channel activity / action potential / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / protein homooligomerization / sensory perception of taste / perikaryon / learning or memory / neuron projection / membrane raft / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, X. / Bae, C. / Stix, R. / Fernandez, A.I. / Huffer, K. / Chang, T. / Jiang, J. / Faraldo-Gomez, J.D. / Swartz, K.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the Shaker Kv channel and mechanism of slow C-type inactivation. 著者: Xiao-Feng Tan / Chanhyung Bae / Robyn Stix / Ana I Fernández-Mariño / Kate Huffer / Tsg-Hui Chang / Jiansen Jiang / José D Faraldo-Gómez / Kenton J Swartz / 要旨: Voltage-activated potassium (Kv) channels open upon membrane depolarization and proceed to spontaneously inactivate. Inactivation controls neuronal firing rates and serves as a form of short-term ...Voltage-activated potassium (Kv) channels open upon membrane depolarization and proceed to spontaneously inactivate. Inactivation controls neuronal firing rates and serves as a form of short-term memory and is implicated in various human neurological disorders. Here, we use high-resolution cryo-electron microscopy and computer simulations to determine one of the molecular mechanisms underlying this physiologically crucial process. Structures of the activated Shaker Kv channel and of its W434F mutant in lipid bilayers demonstrate that C-type inactivation entails the dilation of the ion selectivity filter and the repositioning of neighboring residues known to be functionally critical. Microsecond-scale molecular dynamics trajectories confirm that these changes inhibit rapid ion permeation through the channel. This long-sought breakthrough establishes how eukaryotic K channels self-regulate their functional state through the plasticity of their selectivity filters. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7sj1.cif.gz | 185.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7sj1.ent.gz | 127.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7sj1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7sj1_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7sj1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7sj1_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7sj1_validation.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/7sj1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 25152MC 7sipC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69436.281 Da / 分子数: 4 / 変異: W434F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Sh, mns, CG12348 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08510 #2: 化合物 | ChemComp-POV / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: potassium channel / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 16 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 212083 / 対称性のタイプ: POINT |