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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rzg | ||||||
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タイトル | Insulin Degrading Enzyme O/pO | ||||||
要素 | Cysteine-free Insulin-degrading enzyme | ||||||
キーワード | HYDROLASE / M16A zinc metalloprotease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process ...insulysin / ubiquitin recycling / insulin catabolic process / insulin metabolic process / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / insulin binding / regulation of aerobic respiration / peptide catabolic process / amyloid-beta clearance / peroxisomal matrix / amyloid-beta metabolic process / Insulin receptor recycling / peptide binding / proteolysis involved in protein catabolic process / Peroxisomal protein import / protein catabolic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / metalloendopeptidase activity / positive regulation of protein catabolic process / virus receptor activity / positive regulation of protein binding / insulin receptor signaling pathway / peroxisome / basolateral plasma membrane / endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / external side of plasma membrane / cell surface / protein homodimerization activity / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mancl, J.M. / Liang, W.G. / Tang, W.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Ensemble cryoEM reveals a substrate-induced shift in the conformational dynamics of human insulin degrading enzyme 著者: Mancl, J.M. / Liang, W.G. / Wei, H. / Carragher, B. / Potter, C.S. / Tang, W.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7rzg.cif.gz | 341.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7rzg.ent.gz | 276.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7rzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7rzg_validation.pdf.gz | 967.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7rzg_full_validation.pdf.gz | 1012.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7rzg_validation.xml.gz | 58.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7rzg_validation.cif.gz | 86 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/7rzg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24759MC 7rzeC 7rzfC 7rzhC 7rziC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 117068.508 Da / 分子数: 2 変異: C110L, C171S, C178A, C257V, C414L, C573N, C590S, C789S, C812A, C819A, C904S, C966S, C974S 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14735, insulysin |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cysteine-free Insulin-degrading enzyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 328870 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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