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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rtt | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a TTYH2 cis-dimer | ||||||
![]() | Protein tweety homolog 2 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TTYH2 / Cisdimer | ||||||
機能・相同性 | ![]() volume-sensitive chloride channel activity / L-glutamate transmembrane transport / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / Stimuli-sensing channels / chloride channel complex / calcium ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Li, B. / Brohawn, S.G. / Hoel, C.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of tweety homolog proteins TTYH2 and TTYH3 reveal a Ca-dependent switch from intra- to intermembrane dimerization. 著者: Baobin Li / Christopher M Hoel / Stephen G Brohawn / ![]() 要旨: Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high ...Tweety homologs (TTYHs) comprise a conserved family of transmembrane proteins found in eukaryotes with three members (TTYH1-3) in vertebrates. They are widely expressed in mammals including at high levels in the nervous system and have been implicated in cancers and other diseases including epilepsy, chronic pain, and viral infections. TTYHs have been reported to form Ca- and cell volume-regulated anion channels structurally distinct from any characterized protein family with potential roles in cell adhesion, migration, and developmental signaling. To provide insight into TTYH family structure and function, we determined cryo-EM structures of Mus musculus TTYH2 and TTYH3 in lipid nanodiscs. TTYH2 and TTYH3 adopt a previously unobserved fold which includes an extended extracellular domain with a partially solvent exposed pocket that may be an interaction site for hydrophobic molecules. In the presence of Ca, TTYH2 and TTYH3 form homomeric cis-dimers bridged by extracellularly coordinated Ca. Strikingly, in the absence of Ca, TTYH2 forms trans-dimers that span opposing membranes across a ~130 Å intermembrane space as well as a monomeric state. All TTYH structures lack ion conducting pathways and we do not observe TTYH2-dependent channel activity in cells. We conclude TTYHs are not pore forming subunits of anion channels and their function may involve Ca-dependent changes in quaternary structure, interactions with hydrophobic molecules near the extracellular membrane surface, and/or association with additional protein partners. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 150.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 952 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 961 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24688MC ![]() 7rtuC ![]() 7rtvC ![]() 7rtwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of ttyh2 in cis-dimer [micrographs - multiframe]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59941.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TTYH2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Mammalia (両生類) |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2 |
試料 | 濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 1.0038 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 96342 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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