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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7rcp | ||||||||||||
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タイトル | GltPh mutant (S279E/D405N) in complex with aspartate and sodium ions | ||||||||||||
![]() | Glutamate transporter homolog | ||||||||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / outward-facing / substrate-bound | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
![]() | Reddy, K.D. / Boudker, O. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The archaeal glutamate transporter homologue GltPh shows heterogeneous substrate binding. 著者: Krishna D Reddy / Didar Ciftci / Amanda J Scopelliti / Olga Boudker / ![]() 要旨: Integral membrane glutamate transporters couple the concentrative substrate transport to ion gradients. There is a wealth of structural and mechanistic information about this protein family. Recent ...Integral membrane glutamate transporters couple the concentrative substrate transport to ion gradients. There is a wealth of structural and mechanistic information about this protein family. Recent studies of an archaeal homologue, GltPh, revealed transport rate heterogeneity, which is inconsistent with simple kinetic models; however, its structural and mechanistic determinants remain undefined. Here, we demonstrate that in a mutant GltPh, which exclusively populates the outward-facing state, at least two substates coexist in slow equilibrium, binding the substrate with different apparent affinities. Wild type GltPh shows similar binding properties, and modulation of the substate equilibrium correlates with transport rates. The low-affinity substate of the mutant is transient following substrate binding. Consistently, cryo-EM on samples frozen within seconds after substrate addition reveals the presence of structural classes with perturbed helical packing of the extracellular half of the transport domain in regions adjacent to the binding site. By contrast, an equilibrated structure does not show such classes. The structure at 2.2-Å resolution details a pattern of waters in the intracellular half of the domain and resolves classes with subtle differences in the substrate-binding site. We hypothesize that the rigid cytoplasmic half of the domain mediates substrate and ion recognition and coupling, whereas the extracellular labile half sets the affinity and dynamic properties. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 401.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 809.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 765 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 24405MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43927.055 Da / 分子数: 3 / 変異: S279E, D405N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3 遺伝子: PH1295 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O59010 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of glutamate transporter homologue GltPh mutant (S279E/D405N) with sodium nitrate and aspartate タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
EM embedding | Material: ice | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47.91 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 503427 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.78 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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