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万見
- PDB-7raz: Small conductance mechanosensitive channel MscS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7raz
タイトルSmall conductance mechanosensitive channel MscS
要素Small-conductance mechanosensitive channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / small conductance mechanosensitive channel MscS / NCMN / ion channel / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal ...Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / LSM domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Small-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG'
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Catalano, C. / Ben-Hail, D. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM132329 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM133598 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Small conductance mechanosensitive channel MscS
著者: Catalano, C. / Ben-Hail, D. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y.
履歴
登録2021年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small-conductance mechanosensitive channel
B: Small-conductance mechanosensitive channel
C: Small-conductance mechanosensitive channel
D: Small-conductance mechanosensitive channel
E: Small-conductance mechanosensitive channel
F: Small-conductance mechanosensitive channel
G: Small-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,59914
ポリマ－216,4607
非ポリマー5,1387
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Small-conductance mechanosensitive channel / MscS


分子量: 30922.898 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株: BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 遺伝子: mscS, yggB, b2924, JW2891
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P0C0S1
#2: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Small conductance mechanosensitive channel MscS / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: 2% uranyl acetate
試料支持グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 61.05 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1352
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 500000
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 275000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 2OAU

2oau


Accession code: 2OAU / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00410612
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58114322
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.4971596
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431666
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031827

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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