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- PDB-7ram: Cryo-EM Structure of the HCMV gHgLgO Trimer Derived from AD169 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ram
タイトルCryo-EM Structure of the HCMV gHgLgO Trimer Derived from AD169 and TR strains in complex with PDGFRalpha
要素
  • Envelope glycoprotein H
  • Envelope glycoprotein L
  • Envelope glycoprotein O
  • Platelet-derived growth factor receptor alpha
キーワードVIRAL PROTEIN / viral entry glycoprotein in complex with receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization ...platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / Imatinib-resistant PDGFR mutants / Sunitinib-resistant PDGFR mutants / Regorafenib-resistant PDGFR mutants / Sorafenib-resistant PDGFR mutants / PDGFR mutants bind TKIs / metanephric glomerular capillary formation / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / luteinization / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / embryonic skeletal system morphogenesis / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / embryonic digestive tract morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor activity / Leydig cell differentiation / cell activation / male genitalia development / positive regulation of chemotaxis / Signaling by PDGF / signal transduction involved in regulation of gene expression / embryonic cranial skeleton morphogenesis / platelet-derived growth factor receptor binding / face morphogenesis / estrogen metabolic process / adrenal gland development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / microvillus / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of platelet activation / hematopoietic progenitor cell differentiation / : / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / positive regulation of calcium-mediated signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Downstream signal transduction / extracellular matrix organization / host cell endosome membrane / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / lung development / wound healing / receptor protein-tyrosine kinase / cilium / platelet aggregation / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of fibroblast proliferation / cell junction / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / host cell Golgi apparatus / in utero embryonic development / protein autophosphorylation / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / viral envelope / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site ...Herpesvirus UL74, glycoprotein / Herpes UL74 glycoproteins / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Platelet-derived growth factor receptor alpha / Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein O
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Liu, J. / Vanarsdall, A.L. / Chen, D. / Johnson, D.C. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI150659 米国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2021
タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structure and Interactions of the Human Cytomegalovirus gHgLgO Trimer with Platelet-Derived Growth Factor Receptor Alpha.
著者: Jing Liu / Adam Vanarsdall / Dong-Hua Chen / Andrea Chin / David Johnson / Theodore S Jardetzky /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) is a herpesvirus that produces disease in transplant patients and newborn children. Entry of HCMV into cells relies on gH/gL trimer (gHgLgO) and pentamer (gHgLUL128-131) ...Human cytomegalovirus (HCMV) is a herpesvirus that produces disease in transplant patients and newborn children. Entry of HCMV into cells relies on gH/gL trimer (gHgLgO) and pentamer (gHgLUL128-131) complexes that bind cellular receptors. Here, we studied the structure and interactions of the HCMV trimer, formed by AD169 strain gH and gL and TR strain gO proteins, with the human platelet-derived growth factor receptor alpha (PDGFRα). Three trimer surfaces make extensive contacts with three PDGFRα N-terminal domains, causing PDGFRα to wrap around gO in a structure similar to a human hand, explaining the high-affinity interaction. gO is among the least conserved HCMV proteins, with 8 distinct genotypes. We observed high conservation of residues mediating gO-gL interactions but more extensive gO variability in the PDGFRα interface. Comparisons between our trimer structure and a previously determined structure composed of different subunit genotypes indicate that gO variability is accommodated by adjustments in the gO-PDGFRα interface. We identified two loops within gO that were disordered and apparently glycosylated, which could be deleted without disrupting PDGFRα binding. We also identified four gO residues that contact PDGFRα, which when mutated produced markedly reduced receptor binding. These residues fall within conserved contact sites of gO with PDGFRα and may represent key targets for anti-trimer neutralizing antibodies and HCMV vaccines. Finally, we observe that gO mutations distant from the gL interaction site impact trimer expression, suggesting that the intrinsic folding or stability of gO can impact the efficiency of trimer assembly. HCMV is a herpesvirus that infects a large percentage of the adult population and causes significant levels of disease in immunocompromised individuals and birth defects in the developing fetus. The virus encodes a complex protein machinery that coordinates infection of different cell types in the body, including a trimer formed of gH, gL, and gO subunits. Here, we studied the interactions of the HCMV trimer with its receptor on cells, the platelet derived growth factor receptor α (PDGFRα), to better understand how HCMV coordinates virus entry into cells. Our results add to our understanding of HCMV strain-specific differences and identify sites on the trimer that represent potential targets for therapeutic antibodies or vaccine development.
履歴
登録2021年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Envelope glycoprotein O
D: Platelet-derived growth factor receptor alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,8814
ポリマ－220,8814
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18050 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area62210 Å2

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 80435.430 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 41-718 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: gH, UL75 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12824
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 27138.018 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 31-278 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: gL, UL115 / プラスミド: pTT5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16832
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein O / Glycoprotein O / UL74 / UL74 protein


分子量: 53937.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8AZ32
#4: タンパク質 Platelet-derived growth factor receptor alpha / PDGF-R-alpha / PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet- ...PDGF-R-alpha / PDGFR-alpha / Alpha platelet-derived growth factor receptor / Alpha-type platelet-derived growth factor receptor / CD140 antigen-like family member A / CD140a antigen / Platelet-derived growth factor alpha receptor / Platelet-derived growth factor receptor 2 / PDGFR-2


分子量: 59370.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFRA, PDGFR2, RHEPDGFRA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16234, receptor protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HCMV trimer in complex with receptor PDGFRalphaCOMPLEXall0RECOMBINANT
2human platelet-derived growth factor receptor alpha extracellular domainCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.22 MDaNO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Human herpesvirus 5 strain AD169 (ヘルペスウイルス)10360
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 300mM NaCl and 20mM HEPES7.5
試料濃度: 1.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 345997 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 94.19 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002212293
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.524116745
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04081921
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00392142
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.29921649

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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