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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qvi | |||||||||
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タイトル | Fiber-forming RubisCO derived from ancestral sequence reconstruction and rational engineering | |||||||||
要素 | RubisCO large subunit | |||||||||
キーワード | LYASE / Ribulose 1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxydase / RubisCO | |||||||||
機能・相同性 | 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Schulz, L. / Zarzycki, J. / Prinz, S. / Schuller, J.M. / Erb, T.J. / Hochberg, G.K.A. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Evolution of increased complexity and specificity at the dawn of form I Rubiscos. 著者: Luca Schulz / Zhijun Guo / Jan Zarzycki / Wieland Steinchen / Jan M Schuller / Thomas Heimerl / Simone Prinz / Oliver Mueller-Cajar / Tobias J Erb / Georg K A Hochberg / 要旨: The evolution of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenases (Rubiscos) that discriminate strongly between their substrate carbon dioxide and the undesired side substrate dioxygen was an ...The evolution of ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenases (Rubiscos) that discriminate strongly between their substrate carbon dioxide and the undesired side substrate dioxygen was an important event for photosynthetic organisms adapting to an oxygenated environment. We use ancestral sequence reconstruction to recapitulate this event. We show that Rubisco increased its specificity and carboxylation efficiency through the gain of an accessory subunit before atmospheric oxygen was present. Using structural and biochemical approaches, we retrace how this subunit was gained and became essential. Our work illuminates the emergence of an adaptation to rising ambient oxygen levels, provides a template for investigating the function of interactions that have remained elusive because of their essentiality, and sheds light on the determinants of specificity in Rubisco. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qvi.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qvi.ent.gz | 1008.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qvi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7qvi_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7qvi_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7qvi_validation.xml.gz | 191.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7qvi_validation.cif.gz | 273.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/7qvi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 14178MC 7qsvC 7qswC 7qsxC 7qsyC 7qszC 7qt1C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51196.930 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): ArcticExpress (DE3) #2: 糖 | ChemComp-CAP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ancestral sequence reconstruction of RubisCO large subunit in complex with CABP and Magnesium タイプ: COMPLEX / 詳細: complex of two octamers (2x L8) / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.873 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株: ArtricExpress (DE3) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 171572 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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