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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qks | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ABC transporter STE6-2p from Pichia pastoris in apo conformation at 3.1 A resolution | ||||||
要素 | Plasma membrane ATP-binding cassette transporter required for the export of a-factor | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC transporter / ABCB / MDR / membrane protein (膜タンパク質) / Pichia pastoris | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Schleker, E.S.M. / Reinhart, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Structural and functional investigation of ABC transporter STE6-2p from reveals unexpected interaction with sterol molecules. 著者: E Sabine M Schleker / Sabine Buschmann / Hao Xie / Sonja Welsch / Hartmut Michel / Christoph Reinhart / 要旨: Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy ...Adenosine triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporters are multidomain transmembrane proteins, which facilitate the transport of various substances across cell membranes using energy derived from ATP hydrolysis. They are important drug targets since they mediate decreased drug susceptibility during pharmacological treatments. For the methylotrophic yeast , a model organism that is a widely used host for protein expression, the role and function of its ABC transporters is unexplored. In this work, we investigated the ABC-B transporter STE6-2p. Functional investigations revealed that STE6-2p is capable of transporting rhodamines in vivo and is active in the presence of verapamil and triazoles in vitro. A phylogenetic analysis displays homology among multidrug resistance (MDR) transporters from pathogenic fungi to human ABC-B transporters. Further, we present high-resolution single-particle electron cryomicroscopy structures of an ABC transporter from in the apo conformation (3.1 Å) and in complex with verapamil and adenylyl imidodiphosphate (AMP-PNP) (3.2 Å). An unknown density between transmembrane helices 4, 5, and 6 in both structures suggests the presence of a sterol-binding site of unknown function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7qks.cif.gz | 214.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7qks.ent.gz | 170.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7qks.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/7qks ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qk/7qks | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14050MC 7qkrC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 144974.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) 株: ATCC 76273 / CBS 7435 / CECT 11047 / NRRL Y-11430 / Wegner 21-1 遺伝子: STE6-2, PP7435_Chr1-1574 / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: F2QQK6 |
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#2: 化合物 | ChemComp-9Z9 / ( |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: STE6-2p / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 株: X33 |
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 株: X33 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89358 / 対称性のタイプ: POINT |