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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7qfw | ||||||
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タイトル | S.c. Condensin peripheral Ycg1 subcomplex bound to DNA | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN / SMC-motor protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation / meiotic chromosome condensation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / tRNA gene clustering / meiotic chromosome separation / condensin complex / rDNA chromatin condensation / synaptonemal complex assembly / mitotic chromosome condensation / chromosome condensation / mitotic sister chromatid segregation / condensed chromosome / cell division / chromatin binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | ||||||
![]() | Lecomte, L. / Hassler, M. / Haering, C. / Eustermann, S. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: A hold-and-feed mechanism drives directional DNA loop extrusion by condensin. 著者: Indra A Shaltiel / Sumanjit Datta / Léa Lecomte / Markus Hassler / Marc Kschonsak / Sol Bravo / Catherine Stober / Jenny Ormanns / Sebastian Eustermann / Christian H Haering / ![]() 要旨: Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that ...Structural maintenance of chromosomes (SMC) protein complexes structure genomes by extruding DNA loops, but the molecular mechanism that underlies their activity has remained unknown. We show that the active condensin complex entraps the bases of a DNA loop transiently in two separate chambers. Single-molecule imaging and cryo-electron microscopy suggest a putative power-stroke movement at the first chamber that feeds DNA into the SMC-kleisin ring upon adenosine triphosphate binding, whereas the second chamber holds on upstream of the same DNA double helix. Unlocking the strict separation of "motor" and "anchor" chambers turns condensin from a one-sided into a bidirectional DNA loop extruder. We conclude that the orientation of two topologically bound DNA segments during the SMC reaction cycle determines the directionality of DNA loop extrusion. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 60.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13950MC ![]() 7qenC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 117981.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YCG1, YCS5, YDR325W / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 92721.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BRN1, YBL097W, YBL0830 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 15615.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 50bp synthetic DNA ligand with the sequence: 5'-GTTGACAGTG TCGCAACCTG CACAGGCAAG CTGCTGAGTC TGGTGTAGAC-3' The DNA ligand was modelled as poly(dA) as the register could not be determined by cryoEM density. 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 15164.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: 50bp synthetic DNA ligand with the sequence: 5'-GTCTACACCAGACTCAGCAGCTTGCCTGTGCAGGTTGCGACACTGTCAAC-3' The DNA ligand was modelled as poly(dT) as the register could not be determined by cryoEM density. 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: S.c. Condensin peripheral Ycg1 complex bound to DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.707 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.707 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6544 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 91522 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27701 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5OQN Accession code: 5OQN / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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