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万見
- PDB-7qdu: Twist-corrected RNA origami 5-helix Tile A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qdu
タイトルTwist-corrected RNA origami 5-helix Tile A
要素Chains: Q
キーワードRNA / Origami / nanostructure
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.14 Å
データ登録者McRae, E.K.S. / Andersen, E.S.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research31789 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2023
タイトル: Structure, folding and flexibility of co-transcriptional RNA origami.
著者: Ewan K S McRae / Helena Østergaard Rasmussen / Jianfang Liu / Andreas Bøggild / Michael T A Nguyen / Nestor Sampedro Vallina / Thomas Boesen / Jan Skov Pedersen / Gang Ren / Cody Geary / Ebbe Sloth Andersen /
要旨: RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the ...RNA origami is a method for designing RNA nanostructures that can self-assemble through co-transcriptional folding with applications in nanomedicine and synthetic biology. However, to advance the method further, an improved understanding of RNA structural properties and folding principles is required. Here we use cryogenic electron microscopy to study RNA origami sheets and bundles at sub-nanometre resolution revealing structural parameters of kissing-loop and crossover motifs, which are used to improve designs. In RNA bundle designs, we discover a kinetic folding trap that forms during folding and is only released after 10 h. Exploration of the conformational landscape of several RNA designs reveal the flexibility of helices and structural motifs. Finally, sheets and bundles are combined to construct a multidomain satellite shape, which is characterized by individual-particle cryo-electron tomography to reveal the domain flexibility. Together, the study provides a structural basis for future improvements to the design cycle of genetically encoded RNA nanodevices.
履歴
登録2021年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: Chains: Q


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,7201
ポリマ－177,7201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area87490 Å2

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要素

#1: RNA鎖 Chains: Q


分子量: 177720.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Twist-corrected 5-helix tile A. / タイプ: COMPLEX / 詳細: In vitro transcribed RNA purified by SEC. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.175 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 8
詳細: Freshly prepared and filtered through 0.22 micron filter prior to use.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPES1
25 mMMgCl21
3100 mMKCl1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Sample was purified by size exclusion chromatography and concentrated in an Amicon spin concentrator.
試料支持詳細: 15mA current on a glocube. / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 294 K
詳細: 3 microlitre droplet, 4 second delay before blotting, 6 second blot, 0 second delay before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6122 / 詳細: Images were collected as 56 frame movies.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択
2EPU画像取得AFIS data collection
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7UCSF ChimeraX1.2モデルフィッティング
8ISOLDE1.2モデルフィッティング
10PHENIX1.19.2-4158-000モデル精密化
11cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.2.0分類
14cryoSPARC3.2.0３次元再構成
CTF補正詳細: Patch CTF estimation (multi) from cryoSPARC. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 605848
詳細: Particle picking was performed using the template picker from cryoSPARC with templates generated from an ab initio model from the same dataset.
3次元再構成解像度: 5.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 166751 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
精密化Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / WRfactor Rwork: 0.562 / SU B: 3.157 / SU ML: 0.055 / Average fsc overall: 0.0971 / Average fsc work: 0.0971 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.304 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.5618 299730 -
all0.562 --
Rfree--0 %
obs--99.162 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 219.884 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0070.01213133
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.010.0195388
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.2091.79220466
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.6241.65913116
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1610.22759
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0170.026520
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.022076
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1790.210294
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.2410.213492
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.2440.29004
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0880.26984
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.110.2398
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it10.39723.42613133
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other10.38923.42513133
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it17.07735.12920466
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other17.07635.1320467
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it24.117248.20520308
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other24.12248.21820309
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.5-2.5650.941201940.941222410.00590.79630.941
2.565-2.6350.959213860.959218730.00397.77350.959
2.635-2.7120.962210820.962210820.0151000.962
2.712-2.7950.952208340.952208340.0221000.952
2.795-2.8870.935198950.935198950.0271000.935
2.887-2.9880.914192040.914192040.011000.914
2.988-3.1010.885185530.885185530.021000.885
3.101-3.2270.855180420.855180420.0281000.855
3.227-3.3710.816171440.816171440.0221000.816
3.371-3.5350.758165460.758165460.0141000.758
3.535-3.7270.71155440.71155441000.71
3.727-3.9520.65148320.65148321000.65
3.952-4.2250.572138430.572138431000.572
4.225-4.5640.605129620.605129620.0071000.605
4.564-4.9990.681118590.681118590.1471000.681
4.999-5.5890.783107850.783107850.331000.783
5.589-6.4530.6394450.6394450.5121000.63
6.453-7.9010.62580140.62580140.8031000.625
7.901-11.1660.25661610.25661610.9621000.256
11.166-214.8040.16234050.16234050.9941000.162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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