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万見
- PDB-7q9y: Cryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q9y
タイトルCryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringens beta-toxin.
要素Clostridium perfringens beta toxin
キーワードTOXIN / pore forming toxin / hemolysin / octamer
生物種Clostridium perfringens CPE (ウェルシュ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å
データ登録者Iacovache, I. / Zuber, B.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation179520 スイス
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the octameric pore of Clostridium perfringens β-toxin.
著者: Julia Bruggisser / Ioan Iacovache / Samuel C Musson / Matteo T Degiacomi / Horst Posthaus / Benoît Zuber /
要旨: Clostridium perfringens is one of the most widely distributed and successful pathogens producing an impressive arsenal of toxins. One of the most potent toxins produced is the C. perfringens β-toxin ...Clostridium perfringens is one of the most widely distributed and successful pathogens producing an impressive arsenal of toxins. One of the most potent toxins produced is the C. perfringens β-toxin (CPB). This toxin is the main virulence factor of type C strains. We describe the cryo-electron microscopy (EM) structure of CPB oligomer. We show that CPB forms homo-octameric pores like the hetero-oligomeric pores of the bi-component leukocidins, with important differences in the receptor binding region and the N-terminal latch domain. Intriguingly, the octameric CPB pore complex contains a second 16-stranded β-barrel protrusion atop of the cap domain that is formed by the N-termini of the eight protomers. We propose that CPB, together with the newly identified Epx toxins, is a member a new subclass of the hemolysin-like family. In addition, we show that the β-barrel protrusion domain can be modified without affecting the pore-forming ability, thus making the pore particularly attractive for macromolecule sensing and nanotechnology. The cryo-EM structure of the octameric pore of CPB will facilitate future developments in both nanotechnology and basic research.
履歴
登録2021年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Clostridium perfringens beta toxin
B: Clostridium perfringens beta toxin
C: Clostridium perfringens beta toxin
D: Clostridium perfringens beta toxin
E: Clostridium perfringens beta toxin
F: Clostridium perfringens beta toxin
G: Clostridium perfringens beta toxin
H: Clostridium perfringens beta toxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,1508
ポリマ－279,1508
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area33860 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area105360 Å2

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要素

#1: タンパク質
Clostridium perfringens beta toxin


分子量: 34893.750 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens CPE (ウェルシュ菌)
遺伝子: beta toxin / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: octamer of beta toxin in SMALP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.25 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) / 株: C
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris1
2150 mMNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / Cs: 2.25 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 260481 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 3B07

3b07


PDB chain-ID: B / Accession code: 3B07 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00716152
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.88922096
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.6362368
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0542648
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062808

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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