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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q3e | |||||||||
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タイトル | Structure of the mouse CPLANE-RSG1 complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 ...axonemal basal plate / respiratory system development / tongue morphogenesis / auditory receptor cell morphogenesis / regulation of embryonic cell shape / regulation of vesicle fusion / septin cytoskeleton organization / digestive system development / regulation of ruffle assembly / protein localization => GO:0008104 / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / establishment of planar polarity / spinal cord dorsal/ventral patterning / motile cilium assembly / cilium organization / Hedgehog 'off' state / circulatory system development / negative regulation of cell division / regulation of exocytosis / positive regulation of cilium assembly / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / camera-type eye development / positive regulation of smoothened signaling pathway / motile cilium / limb development / neural tube development / regulation of establishment of cell polarity / regulation of focal adhesion assembly / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / roof of mouth development / exocytosis / axoneme / cilium assembly / regulation of ossification / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / ciliary basal body / negative regulation of cell migration / kidney development / neural tube closure / establishment of protein localization / cilium / protein transport / regulation of protein localization / nervous system development / cytoskeleton / GTPase activity / GTP binding / cell surface / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Langousis, G. / Cavadini, S. / Kempf, G. / Matthias, P. | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex. 著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias / 要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q3e.cif.gz | 654.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q3e.ent.gz | 525.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q3e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7q3e_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7q3e_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7q3e_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7q3e_validation.cif.gz | 78 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13790MC 7q3dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86286.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wdpcp 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8C456 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 107330.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Intu, Kiaa1284, Pdzd6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q059U7 |
#3: タンパク質 | 分子量: 45542.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fuz 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: E9QL29 |
#4: タンパク質 | 分子量: 28459.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cplane2, Gm723, Rsg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2A825 |
#5: 化合物 | ChemComp-GTP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CPLANE complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.04 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94157 / 対称性のタイプ: POINT |