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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q0f | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of Candida albicans 80S ribosome in complex with phyllanthoside | ||||||||||||||||||
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![]() | RIBOSOME / Candida albicans / phyllanthoside / drug design | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / yeast-form cell wall / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / GCN2-mediated signaling / regulation of cytoplasmic translation / hyphal cell wall ...filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to neutral pH / cellular response to neutral pH / negative regulation of cell integrity MAPK cascade / positive regulation of conjugation with cellular fusion / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to biotic stimulus / yeast-form cell wall / filamentous growth of a population of unicellular organisms in response to starvation / GCN2-mediated signaling / regulation of cytoplasmic translation / hyphal cell wall / fungal biofilm matrix / invasive growth in response to glucose limitation / triplex DNA binding / ribosome hibernation / negative regulation of p38MAPK cascade / translation elongation factor binding / regulation of translational initiation in response to stress / filamentous growth / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / positive regulation of translational fidelity / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / translational elongation / preribosome, small subunit precursor / telomeric DNA binding / mRNA destabilization / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / TOR signaling / protein-RNA complex assembly / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / positive regulation of autophagy / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation repressor activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / cellular response to starvation / telomere maintenance / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / extracellular vesicle / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / cell adhesion / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / cell surface / RNA binding / zinc ion binding / extracellular region / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Zgadzay, Y. / Kolosova, O. / Stetsenko, A. / Jenner, L. / Guskov, A. / Yusupova, G. / Yusupov, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: E-site drug specificity of the human pathogen ribosome. 著者: Yury Zgadzay / Olga Kolosova / Artem Stetsenko / Cheng Wu / David Bruchlen / Konstantin Usachev / Shamil Validov / Lasse Jenner / Andrey Rogachev / Gulnara Yusupova / Matthew S Sachs / Albert ...著者: Yury Zgadzay / Olga Kolosova / Artem Stetsenko / Cheng Wu / David Bruchlen / Konstantin Usachev / Shamil Validov / Lasse Jenner / Andrey Rogachev / Gulnara Yusupova / Matthew S Sachs / Albert Guskov / Marat Yusupov / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: is a widespread commensal fungus with substantial pathogenic potential and steadily increasing resistance to current antifungal drugs. It is known to be resistant to cycloheximide (CHX) that binds ... is a widespread commensal fungus with substantial pathogenic potential and steadily increasing resistance to current antifungal drugs. It is known to be resistant to cycloheximide (CHX) that binds to the E-transfer RNA binding site of the ribosome. Because of lack of structural information, it is neither possible to understand the nature of the resistance nor to develop novel inhibitors. To overcome this issue, we determined the structure of the vacant 80 ribosome at 2.3 angstroms and its complexes with bound inhibitors at resolutions better than 2.9 angstroms using cryo-electron microscopy. Our structures reveal how a change in a conserved amino acid in ribosomal protein eL42 explains CHX resistance in and forms a basis for further antifungal drug development. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 265.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 451.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 13744MC ![]() 7pzyC ![]() 7q08C ![]() 7q0pC ![]() 7q0rC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 134A
#1: RNA鎖 | 分子量: 1085306.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 38943.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: RNA鎖 | 分子量: 50683.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#46: RNA鎖 | 分子量: 575838.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
+Ribosomal 60S subunit protein ... , 28種, 28分子 jklmoqrsuwxy256789ABADAEAFAGAHAIALAPAQ
-60S ribosomal protein ... , 9種, 9分子 npt0AAACAJAMAO
#8: タンパク質 | 分子量: 19798.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#10: タンパク質 | 分子量: 28549.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 23105.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 20376.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#28: タンパク質 | 分子量: 15551.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#30: タンパク質 | 分子量: 7135.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 11096.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 6347.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#42: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3396.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 vzAK
#16: タンパク質 | 分子量: 24389.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#20: タンパク質 | 分子量: 21942.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 10102.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 4種, 4分子 ANigh
#41: タンパク質 | 分子量: 6078.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#45: タンパク質 | 分子量: 29126.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#78: タンパク質 | 分子量: 22615.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#79: タンパク質 | 分子量: 34593.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-40S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 BCFHIJNWXZabcf
#47: タンパク質 | 分子量: 28759.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#48: タンパク質 | 分子量: 29041.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 29435.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#53: タンパク質 | 分子量: 27146.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#54: タンパク質 | 分子量: 21285.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#55: タンパク質 | 分子量: 22801.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#59: タンパク質 | 分子量: 15715.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#68: タンパク質 | 分子量: 9652.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#69: タンパク質 | 分子量: 14807.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#71: タンパク質 | 分子量: 15546.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#72: タンパク質 | 分子量: 11633.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#73: タンパク質 | 分子量: 13606.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#74: タンパク質 | 分子量: 8982.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#77: タンパク質 | 分子量: 7127.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Ribosomal 40S subunit protein ... , 17種, 17分子 DEGKLMOPQRSTUVYde
#49: タンパク質 | 分子量: 26917.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#50: タンパク質 | 分子量: 27313.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#52: タンパク質 | 分子量: 25319.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#56: タンパク質 | 分子量: 21765.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#57: タンパク質 | 分子量: 13836.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#58: タンパク質 | 分子量: 17638.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#65: タンパク質 | 分子量: 17023.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#66: タンパク質 | 分子量: 16097.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#67: タンパク質 | 分子量: 13366.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#70: タンパク質 | 分子量: 16000.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#75: タンパク質 | 分子量: 7536.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#76: タンパク質 | 分子量: 6615.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 3種, 10分子 ![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/3K5.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/3K5.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#80: 化合物 | ChemComp-SPD / |
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#81: 化合物 | ChemComp-3K5 / |
#82: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Candida albicans 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#79 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 3.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132328 / 対称性のタイプ: POINT |