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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pqq | ||||||
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タイトル | Structure of thermostabilised human NTCP in complex with Megabody 91 | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / bile acid transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucosidase complex / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / Recycling of bile acids and salts ...glucosidase complex / trehalose catabolic process / alpha,alpha-trehalase activity / bile acid:sodium symporter activity / glucosidase activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / DNA damage response / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Goutam, K. / Reyes, N. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structural basis of sodium-dependent bile salt uptake into the liver. 著者: Kapil Goutam / Francesco S Ielasi / Els Pardon / Jan Steyaert / Nicolas Reyes / 要旨: The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) ...The liver takes up bile salts from blood to generate bile, enabling absorption of lipophilic nutrients and excretion of metabolites and drugs. Human Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP) is the main bile salt uptake system in liver. NTCP is also the cellular entry receptor of human hepatitis B and D viruses (HBV/HDV), and has emerged as an important target for antiviral drugs. However, the molecular mechanisms underlying NTCP transport and viral receptor functions remain incompletely understood. Here we present cryo-electron microscopy structures of human NTCP in complexes with nanobodies, revealing key conformations of its transport cycle. NTCP undergoes a conformational transition opening a wide transmembrane pore that serves as the transport pathway for bile salts, and exposes key determinant residues for HBV/HDV binding to the outside of the cell. A nanobody that stabilizes pore closure and inward-facing states impairs recognition of the HBV/HDV receptor-binding domain preS1, demonstrating binding selectivity of the viruses for open-to-outside over inward-facing conformations of the NTCP transport cycle. These results provide molecular insights into NTCP 'gated-pore' transport and HBV/HDV receptor recognition mechanisms, and are expected to help with development of liver disease therapies targeting NTCP. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pqq.cif.gz | 96.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pqq.ent.gz | 66.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pqq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pqq_validation.pdf.gz | 643.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pqq_full_validation.pdf.gz | 648.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7pqq_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pqq_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13596MC 7pqgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36652.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC10A1, NTCP, GIG29 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14973 |
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#2: 抗体 | 分子量: 101583.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The protein is a fusion with Lama Glama and Escherichia Coli K-12 as its natural source. 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 株: K12 / 遺伝子: ygjK, b3080, JW3051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) Variant (発現宿主): It is a fusion protein having lama glama and Escherichia Coli K12 as the source. 参照: UniProt: P42592, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human NTCP complexed with Megabody 91 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293F |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 56.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184768 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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