+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7plm | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM reconstruction of pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) in anaerobic conditions | |||||||||||||||
要素 | Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / 4Fe-4S / anaerobic / PYRUVATE CATABOLISM / Electron Transport | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Desulfocurvibacter africanus (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Cherrier, M.V. / Vernede, X. / Fenel, D. / Martin, L. / Arragain, B. / Neumann, E. / Fontecilla Camps, J.C. / Schoehn, G. / Nicolet, Y. | |||||||||||||||
資金援助 | フランス, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022 タイトル: Oxygen-Sensitive Metalloprotein Structure Determination by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Mickaël V Cherrier / Xavier Vernède / Daphna Fenel / Lydie Martin / Benoit Arragain / Emmanuelle Neumann / Juan C Fontecilla-Camps / Guy Schoehn / Yvain Nicolet / 要旨: Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] ...Metalloproteins are involved in key cell processes such as photosynthesis, respiration, and oxygen transport. However, the presence of transition metals (notably iron as a component of [Fe-S] clusters) often makes these proteins sensitive to oxygen-induced degradation. Consequently, their study usually requires strict anaerobic conditions. Although X-ray crystallography has been the method of choice for solving macromolecular structures for many years, recently electron microscopy has also become an increasingly powerful structure-solving technique. We have used our previous experience with cryo-crystallography to develop a method to prepare cryo-EM grids in an anaerobic chamber and have applied it to solve the structures of apoferritin and the 3 [FeS]-containing pyruvate ferredoxin oxidoreductase (PFOR) at 2.40 Å and 2.90 Å resolution, respectively. The maps are of similar quality to the ones obtained under air, thereby validating our method as an improvement in the structural investigation of oxygen-sensitive metalloproteins by cryo-EM. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7plm.cif.gz | 455.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7plm.ent.gz | 373.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7plm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7plm_validation.pdf.gz | 857.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7plm_full_validation.pdf.gz | 902.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7plm_validation.xml.gz | 65.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7plm_validation.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7plm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 13493MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 133835.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfocurvibacter africanus (バクテリア) 遺伝子: por 発現宿主: Desulfocurvibacter africanus (バクテリア) 参照: UniProt: P94692, pyruvate synthase |
---|
-非ポリマー , 5種, 126分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PYRUVATE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.267360 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Desulfocurvibacter africanus (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 10 mM / 名称: Tris |
試料 | 濃度: 2.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1304 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 2-60 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.20.1_4487:phenix.real_space_refine) / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 180868 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1B0P PDB chain-ID: A | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.48 Å2 / Biso mean: 32.3636 Å2 / Biso min: 0 Å2 |