PDB-7pl9: Cryo-EM structure of Bestrhodopsin (rhodopsin-rhodopsin-bestrophi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pl9

タイトル

Cryo-EM structure of Bestrhodopsin (rhodopsin-rhodopsin-bestrophin) complex

要素

Rhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Single particle Cryo-EM / rhodopsin

機能・相同性

RETINAL

機能・相同性情報

生物種

Phaeocystis (真核生物)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Matzov, D. / Kaczmarczyk, I. / Shalev-Benami, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Rhodopsin-bestrophin fusion proteins from unicellular algae form gigantic pentameric ion channels.
著者: Andrey Rozenberg / Igor Kaczmarczyk / Donna Matzov / Johannes Vierock / Takashi Nagata / Masahiro Sugiura / Kota Katayama / Yuma Kawasaki / Masae Konno / Yujiro Nagasaka / Mako Aoyama / ...
要旨: Many organisms sense light using rhodopsins, photoreceptive proteins containing a retinal chromophore. Here we report the discovery, structure and biophysical characterization of bestrhodopsins, a ...

履歴

登録	2021年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pl9.cif.gz	838.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pl9.ent.gz	679.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pl9_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pl9_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7pl9_validation.xml.gz	117.8 KB	表示
CIF形式データ	7pl9_validation.cif.gz	162.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/7pl9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	13485MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (2) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (2)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Rhodopsin

B: Rhodopsin

C: Rhodopsin

D: Rhodopsin

E: Rhodopsin

ヘテロ分子

671 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Rhodopsin 分子量: 134010.250 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaeocystis (真核生物) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 化合物	ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル分子量: 284.436 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Rhodopsin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.67 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Phaeocystis antarctica (真核生物)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 0.86 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27749 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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