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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oz4 | ||||||
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タイトル | Mature capsid of bacteriophage phiRSA1 | ||||||
要素 | p2 family phage major capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS / bacteriophage / capsid | ||||||
機能・相同性 | Bacteriophage P2, capsid / Phage major capsid protein, P2 family / p2 family phage major capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Ralstonia virus RSA1 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Effantin, G. / Fujiwara, A. / Kawsaki, T. / Yamada, T. / Schoehn, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021 タイトル: High Resolution Structure of the Mature Capsid of Bacteriophage ϕRSA1 by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Grégory Effantin / Akiko Fujiwara / Takeru Kawasaki / Takashi Yamada / Guy Schoehn / 要旨: The ϕRSA1 bacteriophage has been isolated from , a gram negative bacteria having a significant economic impact on many important crops. We solved the three-dimensional structure of the ϕRSA1 mature ...The ϕRSA1 bacteriophage has been isolated from , a gram negative bacteria having a significant economic impact on many important crops. We solved the three-dimensional structure of the ϕRSA1 mature capsid to 3.9 Å resolution by cryo-electron microscopy. The capsid shell, that contains the 39 kbp of dsDNA genome, has an icosahedral symmetry characterized by an unusual triangulation number of T = 7, . The ϕRSA1 capsid is composed solely of the polymerization of the major capsid protein, gp8, which exhibits the typical "Johnson" fold first characterized in bacteriophage HK97. As opposed to the latter, the ϕRSA1 mature capsid is not stabilized by covalent crosslinking between its subunits, nor by the addition of a decoration protein. We further describe the molecular interactions occurring between the subunits of the ϕRSA1 capsid and their relationships with the other known bacteriophages. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oz4.cif.gz | 363.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oz4.ent.gz | 303.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oz4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oz4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oz4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oz4_validation.xml.gz | 70.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oz4_validation.cif.gz | 105.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/7oz4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37831.531 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ralstonia virus RSA1 (ウイルス) / 参照: UniProt: A4PE30 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ralstonia solanacearum / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Ralstonia solanacearum (バクテリア) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
ウイルス殻 | 名称: gp8 / 直径: 640 nm / 三角数 (T数): 7 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3399 / 対称性のタイプ: POINT |