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- PDB-7ow7: EIF6-bound large subunit of the human ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ow7
タイトルEIF6-bound large subunit of the human ribosome
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • 28S rRNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S rRNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
キーワードTRANSLATION / Ribosome / EIF6 / human / SDS
機能・相同性
機能・相同性情報


lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / exit from mitosis / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV ...lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / exit from mitosis / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / regulation of G1 to G0 transition / ribosomal protein import into nucleus / 90S preribosome assembly / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / retinal ganglion cell axon guidance / GAIT complex / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TORC2 complex binding / G1 to G0 transition / regulation of glycolytic process / middle ear morphogenesis / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / homeostatic process / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / male meiosis I / positive regulation of natural killer cell proliferation / ribosomal large subunit binding / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / ubiquitin ligase inhibitor activity / cellular response to actinomycin D / blastocyst development / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of protein binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosomal subunit export from nucleus / protein targeting / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / rough endoplasmic reticulum / MDM2/MDM4 family protein binding / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / translation initiation factor activity / embryo implantation / cytosolic ribosome / ossification / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of translation / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of signal transduction by p53 class mediator / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / mRNA 3'-UTR binding / skeletal system development / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / sensory perception of sound / cellular response to gamma radiation / response to insulin / bone development / mRNA 5'-UTR binding / cellular response to type II interferon / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to UV / large ribosomal subunit / heparin binding / regulation of translation / ribosome binding / retina development in camera-type eye / cell body / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / spermatogenesis / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / cytosolic large ribosomal subunit
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / : / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / : / Ribosomal protein L35Ae signature. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / : / 60S ribosomal protein L35 / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L19e, N-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...BROMIDE ION / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Ribosomal protein uL16-like / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Faille, A. / Warren, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)SBAG/159 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of human EIF6-bound large ribosomal subunit
著者: Faille, A. / Warren, A.J.
履歴
登録2021年6月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / refine
Item: _em_admin.last_update / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28S rRNA
B: 5S rRNA
C: 5.8S ribosomal RNA
D: 60S ribosomal protein L8
E: 60S ribosomal protein L3 isoform a
F: 60S ribosomal protein L4
G: 60S ribosomal protein L5
H: 60S ribosomal protein L6
m: 60S ribosomal protein L7
n: 60S ribosomal protein L7a
o: 60S ribosomal protein L9
p: 60S ribosomal protein L10-like
q: 60S ribosomal protein L11
r: 60S ribosomal protein L13
s: 60S ribosomal protein L14
t: 60S ribosomal protein L15
I: 60S ribosomal protein L13a
J: 60S ribosomal protein L17
K: 60S ribosomal protein L18
L: 60S ribosomal protein L19
M: 60S ribosomal protein L18a
N: 60S ribosomal protein L21
R: 60S ribosomal protein L23a
S: 60S ribosomal protein L26
T: 60S ribosomal protein L27
U: 60S ribosomal protein L27a
V: 60S ribosomal protein L29
W: 60S ribosomal protein L30
X: 60S ribosomal protein L31
Y: 60S ribosomal protein L32
Z: 60S ribosomal protein L35a
a: 60S ribosomal protein L34
b: 60S ribosomal protein L35
c: 60S ribosomal protein L36
d: 60S ribosomal protein L37
e: 60S ribosomal protein L38
f: 60S ribosomal protein L39
i: 60S ribosomal protein L36a
j: 60S ribosomal protein L37a
k: 60S ribosomal protein L28
P: Eukaryotic translation initiation factor 6
Q: 60S ribosomal protein L23
u: 60S ribosomal protein L24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,579,124429
ポリマ－2,567,22443
非ポリマー11,901386
水162,9289044
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1641134.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293
#2: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293 / 参照: GenBank: 23898
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50462.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHmnopqrstIJKLMNRSTUVWXYZab...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 isoform a


分子量: 48923.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Expi293
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32895.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21655.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like / Large ribosomal subunit protein uL16-like


分子量: 24617.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96L21
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23840.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6IPH7
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8192.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 18023.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83731

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#41: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56537

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非ポリマー , 6種, 9430分子

#44: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#45: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#46: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#47: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#48: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#49: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human large ribosomal subunit / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#43 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0258 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2019年9月10日
解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.4→2.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.802 / WRfactor Rwork: 0.333 / SU B: 4.002 / SU ML: 0.079 / Average fsc overall: 0.7418 / Average fsc work: 0.7418 / ESU R: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3326 15039956 -
all0.333 --
Rfree--0 %
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.368 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.097 Å20.014 Å20.05 Å2
2--0.063 Å20.323 Å2
3----0.16 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0150.011138176
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg2.7831.437203854
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.7875.0156324
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg30.0718.5142948
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg22.441510390
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg21.38215680
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1620.220865
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0210.0276766
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.2490.2127520
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.3280.2181528
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.2270.225274
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined0.1920.2896
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.2885.39525385
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it10.4148.05831654
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.9466.611112791
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it13.8339.744172197
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it19.58175.275256211
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
2.2-2.2570.56311149280.56311149280.3820.563
2.257-2.3190.54410834530.54410834530.4360.544
2.319-2.3860.52310546500.52310546500.4870.523
2.386-2.460.50410248570.50410248570.5420.504
2.46-2.540.4719928470.4719928470.6020.471
2.54-2.6290.4519607140.4519607140.6540.451
2.629-2.7290.419274360.419274360.7240.41
2.729-2.840.3678908140.3678908140.7920.367
2.84-2.9660.3148555260.3148555260.8640.314
2.966-3.1110.2738167990.2738167990.9210.273
3.111-3.280.2537774390.2537774390.9530.253
3.28-3.4780.2257354390.2257354390.9660.225
3.478-3.7190.1936904400.1936904400.9710.193
3.719-4.0170.1616431350.1616431350.9760.161
4.017-4.40.1475905710.1475905710.9760.147
4.4-4.9190.1545356320.1545356320.9720.154
4.919-5.680.2054715580.2054715580.9580.205
5.68-6.9560.313979130.313979130.9250.31
6.956-9.8360.4373073400.4373073400.8830.437
9.836-424.4480.6621684650.6621684650.9340.662

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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