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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oui | |||||||||
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タイトル | Structure of C2S2M2-type Photosystem supercomplex from Arabidopsis thaliana (digitonin-extracted) | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Oxidoreductase / Complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plastid thylakoid membrane / : / photoinhibition / photosystem II antenna complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / PSII associated light-harvesting complex II / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen ...plastid thylakoid membrane / : / photoinhibition / photosystem II antenna complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem II / nonphotochemical quenching / sequestering of metal ion / PSII associated light-harvesting complex II / chloroplast stromal thylakoid / thylakoid lumen / response to high light intensity / thylakoid membrane / regulation of stomatal movement / chloroplast thylakoid / plastoglobule / vacuolar transport / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / response to abscisic acid / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / : / thylakoid / apoplast / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / poly(U) RNA binding / response to herbicide / photosystem II / plastid / chloroplast stroma / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / chloroplast / membrane => GO:0016020 / endosome / protein stabilization / electron transfer activity / iron ion binding / protein domain specific binding / mRNA binding / heme binding / endoplasmic reticulum / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||
データ登録者 | Graca, A.T. / Hall, M. / Persson, K. / Schroder, W.P. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021 タイトル: High-resolution model of Arabidopsis Photosystem II reveals the structural consequences of digitonin-extraction. 著者: André T Graça / Michael Hall / Karina Persson / Wolfgang P Schröder / 要旨: In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the ...In higher plants, the photosynthetic process is performed and regulated by Photosystem II (PSII). Arabidopsis thaliana was the first higher plant with a fully sequenced genome, conferring it the status of a model organism; nonetheless, a high-resolution structure of its Photosystem II is missing. We present the first Cryo-EM high-resolution structure of Arabidopsis PSII supercomplex with average resolution of 2.79 Å, an important model for future PSII studies. The digitonin extracted PSII complexes demonstrate the importance of: the LHG2630-lipid-headgroup in the trimerization of the light-harvesting complex II; the stabilization of the PsbJ subunit and the CP43-loop E by DGD520-lipid; the choice of detergent for the integrity of membrane protein complexes. Furthermore, our data shows at the anticipated MnCaO-site a single metal ion density as a reminiscent early stage of Photosystem II photoactivation. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2018 タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography 著者: Afonine, P.V. / Poon, B.K. / Read, R.J. / Sobolev, O.V. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Adams, P.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7oui.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7oui.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7oui.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7oui_validation.pdf.gz | 15 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7oui_full_validation.pdf.gz | 16 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7oui_validation.xml.gz | 374.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7oui_validation.cif.gz | 458.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7oui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7oui | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 10分子 13572648Oo
#1: タンパク質 | 分子量: 28193.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39142 #2: タンパク質 | 分子量: 26452.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9S7M0 #3: タンパク質 | 分子量: 23198.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9LMQ2 #15: タンパク質 | 分子量: 26594.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P23321 |
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-Photosystem II ... , 12種, 24分子 AaBbCcDdHhIiKkLlMmTtWwZz
#4: タンパク質 | 分子量: 38830.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P83755, photosystem II #5: タンパク質 | 分子量: 56091.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56777 #6: タンパク質 | 分子量: 50086.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56778 #7: タンパク質 | 分子量: 39444.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56761, photosystem II #10: タンパク質 | 分子量: 7575.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56780 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4170.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62100 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4239.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56782 #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4471.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P60129 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3783.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62109 #16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3825.642 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P61839 #17: タンパク質 | 分子量: 6036.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39194 #19: タンパク質 | 分子量: 6569.768 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56790 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#8: タンパク質 | 分子量: 9393.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P56779 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4428.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P62095 |
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-タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 XxUu
#18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4186.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: A0A7G2E9B1 #23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3178.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q39195 |
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-Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 10分子 SsGNYgnyRr
#20: タンパク質 | 分子量: 25232.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q9XF89 #21: タンパク質 | 分子量: 24885.072 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: P04778 #22: タンパク質 | 分子量: 27302.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) Variant: Wild type / 参照: UniProt: Q07473 |
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-糖 , 1種, 8分子
#35: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 18種, 505分子
#24: 化合物 | ChemComp-CHL / #25: 化合物 | ChemComp-CLA / #26: 化合物 | ChemComp-LHG / #27: 化合物 | ChemComp-PHO / #28: 化合物 | ChemComp-BCR / #29: 化合物 | ChemComp-SQD / #30: 化合物 | ChemComp-LMG / #31: 化合物 | ChemComp-PL9 / #32: 化合物 | ChemComp-AJP / #33: 化合物 | #34: 化合物 | #36: 化合物 | ChemComp-CA / #37: 化合物 | #38: 化合物 | #39: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #40: 化合物 | ChemComp-NEX / ( |
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