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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nkz | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the cytochrome bd oxidase from M. tuberculosis at 2.5 A resolution | |||||||||||||||
![]() | (Probable integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit ...) x 2 | |||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Terminal oxidase Oxidoreductase Oxygen reductase bd oxidase | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Safarian, S. / Wu, D. / Krause, K.L. / Michel, H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The cryo-EM structure of the bd oxidase from M. tuberculosis reveals a unique structural framework and enables rational drug design to combat TB. 著者: Schara Safarian / Helen K Opel-Reading / Di Wu / Ahmad R Mehdipour / Kiel Hards / Liam K Harold / Melanie Radloff / Ian Stewart / Sonja Welsch / Gerhard Hummer / Gregory M Cook / Kurt L ...著者: Schara Safarian / Helen K Opel-Reading / Di Wu / Ahmad R Mehdipour / Kiel Hards / Liam K Harold / Melanie Radloff / Ian Stewart / Sonja Welsch / Gerhard Hummer / Gregory M Cook / Kurt L Krause / Hartmut Michel / ![]() ![]() 要旨: New drugs are urgently needed to combat the global TB epidemic. Targeting simultaneously multiple respiratory enzyme complexes of Mycobacterium tuberculosis is regarded as one of the most effective ...New drugs are urgently needed to combat the global TB epidemic. Targeting simultaneously multiple respiratory enzyme complexes of Mycobacterium tuberculosis is regarded as one of the most effective treatment options to shorten drug administration regimes, and reduce the opportunity for the emergence of drug resistance. During infection and proliferation, the cytochrome bd oxidase plays a crucial role for mycobacterial pathophysiology by maintaining aerobic respiration at limited oxygen concentrations. Here, we present the cryo-EM structure of the cytochrome bd oxidase from M. tuberculosis at 2.5 Å. In conjunction with atomistic molecular dynamics (MD) simulation studies we discovered a previously unknown MK-9-binding site, as well as a unique disulfide bond within the Q-loop domain that defines an inactive conformation of the canonical quinol oxidation site in Actinobacteria. Our detailed insights into the long-sought atomic framework of the cytochrome bd oxidase from M. tuberculosis will form the basis for the design of highly specific drugs to act on this enzyme. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Probable integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit ... , 2種, 2分子 BA
#1: タンパク質 | 分子量: 37650.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: cydB, Rv1622c 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): mc2 155 / Variant (発現宿主): delta cydAB / 参照: UniProt: O06139 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 53863.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cydA, Rv1623c 発現宿主: ![]() 株 (発現宿主): mc2 155 / Variant (発現宿主): delta cydAB / 参照: UniProt: L7N662 |
-非ポリマー , 5種, 47分子 ![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/HDD.gif)
![](data/chem/img/HEB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MQ9.gif)
![](data/chem/img/HDD.gif)
![](data/chem/img/HEB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-MQ9 / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-HDD / | ||
#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the cytochrome bd oxidase from M. tuberculosis at 2.5 A resolution タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.0915 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() プラスミド: pYUB28b | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Monodisperse sample of cytochrome bd oxidase reconstituted in lipid nanodiscs 1D1 | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Blot force 20 |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 96000 X / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 12070 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 15000000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 843799 / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 70 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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