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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7n4t | |||||||||
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タイトル | Low conductance mechanosensitive channel YnaI | |||||||||
要素 | Low conductance mechanosensitive channel YnaI | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Low conductance mechanosensitive channel YnaI / NCMN / ion channel / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG' | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Catalano, C. / Ben-Hail, D. / Qiu, W. / des Georges, A. / Guo, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Membranes (Basel) / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM Structure of Mechanosensitive Channel YnaI Using SMA2000: Challenges and Opportunities. 著者: Claudio Catalano / Danya Ben-Hail / Weihua Qiu / Paul Blount / Amedee des Georges / Youzhong Guo / 要旨: Mechanosensitive channels respond to mechanical forces exerted on the cell membrane and play vital roles in regulating the chemical equilibrium within cells and their environment. High-resolution ...Mechanosensitive channels respond to mechanical forces exerted on the cell membrane and play vital roles in regulating the chemical equilibrium within cells and their environment. High-resolution structural information is required to understand the gating mechanisms of mechanosensitive channels. Protein-lipid interactions are essential for the structural and functional integrity of mechanosensitive channels, but detergents cannot maintain the crucial native lipid environment for purified mechanosensitive channels. Recently, detergent-free systems have emerged as alternatives for membrane protein structural biology. This report shows that while membrane-active polymer, SMA2000, could retain some native cell membrane lipids on the transmembrane domain of the mechanosensitive-like YnaI channel, the complete structure of the transmembrane domain of YnaI was not resolved. This reveals a significant limitation of SMA2000 or similar membrane-active copolymers. This limitation may come from the heterogeneity of the polymers and nonspecific interactions between the polymers and the relatively large hydrophobic pockets within the transmembrane domain of YnaI. However, this limitation offers development opportunities for detergent-free technology for challenging membrane proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7n4t.cif.gz | 292 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7n4t.ent.gz | 236.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7n4t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7n4t_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7n4t_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7n4t_validation.xml.gz | 57 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7n4t_validation.cif.gz | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 24177MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38792.344 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ynaI, b1330, JW1323 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P0AEB5 #2: 化合物 | ChemComp-PEE / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Low conductance mechanosensitive channel YnaI / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: YES |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 染色剤: 2 % uranil acetate |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 56.18 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2155 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 330000 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C7 (7回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5Y4O Accession code: 5Y4O / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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