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- PDB-7muy: Reconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7muy
タイトルReconstruction of the Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 5
要素
  • (Unknown protein ...) x 2
  • DUF2807 domain-containing protein
  • DotC
  • DotD
  • DotF
  • IcmE protein
  • Inner membrane lipoprotein YiaD
  • Neurogenic locus notch
  • Outer membrane protein, OmpA family protein
  • Type IV secretion protein IcmK
キーワードTRANSLOCASE / Dot/Icm / Secretion / T4SS
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion ...: / : / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Pentapeptide repeats (9 copies) / Pentapeptide repeat / Type IV secretion system, VirB10/TrbI / Bacterial conjugation TrbI-like protein / Type IV secretion system, VirB10 / TraB / TrbI / : / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein / Neurogenic locus notch / Type IV secretion protein IcmK / DotD / DotC / Inner membrane lipoprotein YiaD / IcmE protein / DotF / Outer membrane protein, OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Sheedlo, M.J. / Durie, C.L. / Swanson, M. / Lacy, D.B. / Ohi, M.D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020011 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM reveals new species-specific proteins and symmetry elements in the Dot/Icm T4SS.
著者: Michael J Sheedlo / Clarissa L Durie / Jeong Min Chung / Louise Chang / Jacquelyn Roberts / Michele Swanson / Dana Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins into the host via the membrane spanning Dot/Icm type IV secretion system (T4SS). We have determined sub-3.0 Å resolution maps of the Dot/Icm T4SS core complex by single particle cryo-EM. The high-resolution structural analysis has allowed us to identify proteins encoded outside the Dot/Icm genetic locus that contribute to the core T4SS structure. We can also now define two distinct areas of symmetry mismatch, one that connects the C18 periplasmic ring (PR) and the C13 outer membrane cap (OMC) and one that connects the C13 OMC with a 16-fold symmetric dome. Unexpectedly, the connection between the PR and OMC is DotH, with five copies sandwiched between the OMC and PR to accommodate the symmetry mismatch. Finally, we observe multiple conformations in the reconstructions that indicate flexibility within the structure.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24026
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24026
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AG: IcmE protein
ED: DotD
EF: DotF
Eg: IcmE protein
EH: Type IV secretion protein IcmK
EK: Inner membrane lipoprotein YiaD
EL: Outer membrane protein, OmpA family protein
EM: DUF2807 domain-containing protein
EN: Neurogenic locus notch
EU: Unknown protein fragment
EX: Unknown protein fragment
Ed: DotD
Ef: DotF
FD: DotD
FF: DotF
Fg: IcmE protein
CC: DotC
FH: Type IV secretion protein IcmK
FK: Inner membrane lipoprotein YiaD
FL: Outer membrane protein, OmpA family protein
FM: DUF2807 domain-containing protein
FN: Neurogenic locus notch
FU: Unknown protein fragment
FX: Unknown protein fragment
Fd: DotD
Ff: DotF
BC: DotC
BG: IcmE protein
AF: DotF
GD: DotD
GF: DotF
Gg: IcmE protein
GH: Type IV secretion protein IcmK
GK: Inner membrane lipoprotein YiaD
GL: Outer membrane protein, OmpA family protein
GM: DUF2807 domain-containing protein
GN: Neurogenic locus notch
GU: Unknown protein fragment
GX: Unknown protein fragment
Gd: DotD
Gf: DotF
HD: DotD
GC: DotC
HF: DotF
Hg: IcmE protein
HH: Type IV secretion protein IcmK
HK: Inner membrane lipoprotein YiaD
HL: Outer membrane protein, OmpA family protein
HM: DUF2807 domain-containing protein
HN: Neurogenic locus notch
HU: Unknown protein fragment
HX: Unknown protein fragment
Hd: DotD
Hf: DotF
CG: IcmE protein
Bg: IcmE protein
ID: DotD
IF: DotF
Ig: IcmE protein
IH: Type IV secretion protein IcmK
IK: Inner membrane lipoprotein YiaD
IL: Outer membrane protein, OmpA family protein
IM: DUF2807 domain-containing protein
IN: Neurogenic locus notch
IU: Unknown protein fragment
IX: Unknown protein fragment
Id: DotD
KC: DotC
If: DotF
JD: DotD
JF: DotF
Jg: IcmE protein
JH: Type IV secretion protein IcmK
JK: Inner membrane lipoprotein YiaD
JL: Outer membrane protein, OmpA family protein
JM: DUF2807 domain-containing protein
JN: Neurogenic locus notch
JU: Unknown protein fragment
JX: Unknown protein fragment
Jd: DotD
Jf: DotF
DG: IcmE protein
AH: Type IV secretion protein IcmK
KD: DotD
KF: DotF
Kg: IcmE protein
KH: Type IV secretion protein IcmK
KK: Inner membrane lipoprotein YiaD
KL: Outer membrane protein, OmpA family protein
KM: DUF2807 domain-containing protein
KN: Neurogenic locus notch
KU: Unknown protein fragment
KX: Unknown protein fragment
Kd: DotD
Kf: DotF
LD: DotD
LF: DotF
Lg: IcmE protein
LH: Type IV secretion protein IcmK
LK: Inner membrane lipoprotein YiaD
LL: Outer membrane protein, OmpA family protein
LM: DUF2807 domain-containing protein
LN: Neurogenic locus notch
LU: Unknown protein fragment
LX: Unknown protein fragment
Ld: DotD
Lf: DotF
AK: Inner membrane lipoprotein YiaD
EG: IcmE protein
MD: DotD
MF: DotF
Mg: IcmE protein
MH: Type IV secretion protein IcmK
MK: Inner membrane lipoprotein YiaD
ML: Outer membrane protein, OmpA family protein
MM: DUF2807 domain-containing protein
MN: Neurogenic locus notch
MU: Unknown protein fragment
MX: Unknown protein fragment
Md: DotD
Mf: DotF
VF: DotF
VG: IcmE protein
VH: Type IV secretion protein IcmK
VX: Unknown protein fragment
WF: DotF
WG: IcmE protein
WH: Type IV secretion protein IcmK
WX: Unknown protein fragment
XF: DotF
XG: IcmE protein
XH: Type IV secretion protein IcmK
XX: Unknown protein fragment
YF: DotF
AL: Outer membrane protein, OmpA family protein
FG: IcmE protein
YG: IcmE protein
YH: Type IV secretion protein IcmK
DC: DotC
YX: Unknown protein fragment
ZF: DotF
ZG: IcmE protein
ZH: Type IV secretion protein IcmK
ZX: Unknown protein fragment
AM: DUF2807 domain-containing protein
AN: Neurogenic locus notch
AU: Unknown protein fragment
AX: Unknown protein fragment
Ad: DotD
Af: DotF
BD: DotD
BF: DotF
BH: Type IV secretion protein IcmK
BK: Inner membrane lipoprotein YiaD
BL: Outer membrane protein, OmpA family protein
BM: DUF2807 domain-containing protein
BN: Neurogenic locus notch
BU: Unknown protein fragment
BX: Unknown protein fragment
Bd: DotD
Bf: DotF
EC: DotC
GG: IcmE protein
FC: DotC
HC: DotC
IC: DotC
JC: DotC
LC: DotC
MC: DotC
CD: DotD
CF: DotF
Cg: IcmE protein
CH: Type IV secretion protein IcmK
CK: Inner membrane lipoprotein YiaD
CL: Outer membrane protein, OmpA family protein
CM: DUF2807 domain-containing protein
CN: Neurogenic locus notch
CU: Unknown protein fragment
CX: Unknown protein fragment
Cd: DotD
Cf: DotF
DD: DotD
DF: DotF
Dg: IcmE protein
DH: Type IV secretion protein IcmK
DK: Inner membrane lipoprotein YiaD
HG: IcmE protein
IG: IcmE protein
JG: IcmE protein
KG: IcmE protein
LG: IcmE protein
MG: IcmE protein
NG: IcmE protein
OG: IcmE protein
PG: IcmE protein
AC: DotC
DL: Outer membrane protein, OmpA family protein
DM: DUF2807 domain-containing protein
DN: Neurogenic locus notch
DU: Unknown protein fragment
DX: Unknown protein fragment
Dd: DotD
Ag: IcmE protein
Df: DotF
AD: DotD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,563,276205
ポリマ－7,563,276205
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area651890 Å2
ΔGint-3643 kcal/mol
Surface area1094060 Å2

-
要素

-
タンパク質 , 9種, 174分子 AGEgFgBGGgHgCGBgIgJgDGKgLgEGMgVGWGXGFGYGZGGGCgDgHGIGJGKGLGMG...

#1: タンパク質 ...
IcmE protein / Type IV secretion protein IcmE


分子量: 107911.891 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O53087
#2: タンパク質 ...
DotD


分子量: 17860.678 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52183
#3: タンパク質 ...
DotF / IcmG protein / Type IV secretion protein IcmG


分子量: 29729.969 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O54615
#4: タンパク質
Type IV secretion protein IcmK


分子量: 38958.926 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6FBG9
#5: タンパク質
Inner membrane lipoprotein YiaD / LphA (DotK) / LphA protein / OmpA family protein


分子量: 21096.492 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O53086
#6: タンパク質
Outer membrane protein, OmpA family protein


分子量: 27582.047 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZXS4
#7: タンパク質
DUF2807 domain-containing protein


分子量: 36095.367 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6F0F8
#8: タンパク質
Neurogenic locus notch


分子量: 13598.854 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6FAR3
#11: タンパク質
DotC / Type IV secretion system protein DotC


分子量: 34162.441 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52184

-
Unknown protein ... , 2種, 31分子 EUFUGUHUIUJUKULUMUAUBUCUDUEXFXGXHXIXJXKXLXMXVXWXXXYXZXAXBXCXDX

#9: タンパク質・ペプチド
Unknown protein fragment


分子量: 783.958 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア)
#10: タンパク質・ペプチド
Unknown protein fragment


分子量: 4103.049 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア)

-
詳細

Has protein modificationY
配列の詳細The protein fragment sequence could not be directly identified as the sample was purified from a ...The protein fragment sequence could not be directly identified as the sample was purified from a native source.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS 3DVA Map 5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41057 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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